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【バイオインフォマティクス】ヒトT2TゲノムのResequence~Annotation

2024/05/07 4

(1) CWLの作成環境をVScodeの｢Dev Containers｣の機能を使って構築する

2024/05/28 4

Snowpark Container ServiceのR言語環境でsingle cell RNA-seq解析をする

2024/03/07 12

Snowflakeを用いたVCFフォーマットの遺伝子バリアントデータと表現型データベースとの統合

2023/07/15 13

【R】遺伝子ID/遺伝子名の変換方法

Ryota Chijimatsu

2023/03/13 13

GeMoMa: リファレンスの遺伝子構造情報などから相同性に基づき対象種の遺伝子を予測してアノテーションする

2024/12/05 2

SnowflakeでStreamlitとSnowflake Notebooksを用いたIn silico創薬

2024/07/19 6

(3) ｢Dev Containers｣で構築したCWLの作成環境で､実践的なワークフローを作成､実行する

2024/05/28 2

(2) ｢Dev Containers｣で構築したCWLの作成環境で､簡単なワークフローを作成､実行する

2024/05/28 2

RoseTTAFold All-Atom環境構築 | 2024-03-11

2024/03/11 4

Snowpark Container Service上でRstudioを扱う

2024/02/13 5

バイオインフォマティクスコンテスト2021-Problem3 Diagnosis

2021/08/02 3

タンパク質のTransformerモデルを作ってパッケージにしてみる

4ヶ月前 2

【論文解説】 MUSK：病理診断のためのマルチモーダル基盤モデル

どくとりん

2025/01/19 3

【論文解説】 scFoundation：単一細胞トランスクリプトミクスの基盤モデル

どくとりん

2025/01/19 3

SnowflakeでVCFファイルのバリアントフィルタリング ~Registry of Open Data on AWSの利用~

2024/07/12 4

SingularityでQIIME2の実行環境を作成する

2024/04/22 3

小ネタ : parallelにfastpを実行する

2024/02/10 1

hostile: 細菌のショットガンメタゲノム Host genome除去

2023/12/23 1

Snowpark Container Services のJobで動かすNextflowプラグイン「nf-snowflake」の紹介

koreedainSnowflake Data Heroes

1ヶ月前 4

🚀 Git フックで開発者の生産性を向上

lehlakoreng le tee

4ヶ月前 5

お家のパソコンでESM2のLoRAをする

2024/12/24 3

【RNAseq】[immunedeconv] RNAseqデータから免疫細胞比率を推定

Ryota Chijimatsu

2023/08/08 14

SRAにFASTQファイルを登録したときの備忘録

2022/09/05 4

バイオインフォマティクスコンテスト2021参加記

2021/07/01 4

SnowflakeによるNCBIヒト遺伝子データの取得と取り込み

2ヶ月前 1

Long readのアセンブラとsmall plasmidのアセンブル (2)

3ヶ月前 1

Long readのアセンブラとsmall plasmidのアセンブル

3ヶ月前 2

遺伝子発現差解析のツールedgeRの使い方

Masakazu Ishikawa

4ヶ月前 1

pyGenomeVizでゲノムの比較結果を可視化（visualize synteny patterns using pyGenomeViz）

4ヶ月前 3

深層バイオインフォマティクスは表現学習である

6ヶ月前 2

PLINK2とPythonで集団遺伝学に入門する(1)データの前処理(HWE・アリル頻度分布)

張子聡(Zicong Zhang)

2024/12/22 1

16s rRNAのデータを使ったpicrust2による機能的存在量予測

2024/09/23

EGAのDeposit dataをダウンロード

Ryota Chijimatsu

2024/08/07

IGVへのゲノム情報登録と遺伝子名検索の仕様

張子聡(Zicong Zhang)

2024/06/22 3

SeuratでUMAPが使えない問題

2024/03/04 1

ロングリードメタゲノムのビニング

2024/01/17

ProteinMPNN実行環境の構築 | Apptainer (on WSL2 & with GPU)

2023/12/27 3

もう NCBI GEO の多くの FASTQ を処理しなくてもいいかもしれない #souyakuAC2023

2023/12/18 6

GenePatternをlocalに導入（docker使用）

Ryota Chijimatsu

2023/10/02 2

ロングリードメタゲノムアセンブラー三兄弟の比較 : hifiasm_meta, metaMDBG, metaFlye

2023/10/01 1

シングルセルRNA−seqデータのQuality Controlライブラリを調査してみた

2023/09/23 4

【ゲノム解析】BAMファイルから1座標の塩基割合を求める

Ryota Chijimatsu

2023/09/12 1

【勉強】私立の外部大学院を受験した話(バイオインフォマティクス)

2023/09/03 3

Necatを用いた魚類ゲノムのde novo assembly

2023/08/30 1

LocalColabFold実行環境の構築 | Apptainer (on WSL2 & with GPU)

2023/05/01 1

【シングルセル解析】[Seurat] 細胞の抽出 subset()の例

Ryota Chijimatsu

2023/03/16 9

【シングルセル解析】Seurat plot機能のtips

Ryota Chijimatsu

2023/02/16 11