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Clustal Omega初心者ログ【#1 インストール】

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バイオインフォマティクス
ChatGPT
clustalomega
tech

🚧本記事は学習中の備忘録を兼ねた内容です。
内容に誤りがあれば、ご指摘いただけると幸いです。

背景・目的

今回は、バイオインフォマティクスにおけるマルチプルアライメントを実行したくて、Clustal Omegaというツールを使ってみようと思います。初心者なので、インストールから実行まで全てが初めての経験です。最初はエラーやミスが多いかもしれませんが、その都度学んだことを記事として記録していきます。
簡単にいうと、自分のノートパソコンでLocalにClustal Omegaを使えるようにしたい！

環境・ツール

  • macos big sur 11.7.10
  • Clustal Omega version 1.2.4（Homebrewでインストール）
  • ターミナルで実行
    ※エラーが発生した場合は、主にChatGPTを使って調べながら対応。（いいのか？）

Clustal Omegaとは（簡単に）

Clustal OmegaとはなんなのかChatGPTに聞いてみた。

🔍 Clustal Omega とは？
名前：Clustal Omega（クラスター・オメガ）
用途：複数の配列（DNA、RNA、タンパク質）のアライメント
特徴：高速・高精度、大規模な配列数でも対応OK！
出力：整列済みFASTA、PHYLIP形式、系統樹（Newick）など

自分は異なる複数生物の遺伝子を全長で比較したいので、Clustal Omegaがピッタリ。

インストール手順

1. 【まず】Homebrewをインストール

Homebrewを使うことで簡単にソフトウェアをインストールできるらしい...
1. ターミナルで以下のコマンドを実行:

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

ここでpasswordを求められたので、Macのlogin passwordを入力し、次に進むことができた。（入力しても文字が表示されないが、入力はできている。）

2. 以下のコマンドを実行して、バージョンが表示されればインストール完了！

brew --version

⚠️この時、以下のErrorが表示されてしまった：
zsh: command not found: brew
🌀原因：パスが通っていなかった。
✅解決法：以下のコマンドを実行して、Homebrew のパス（場所）をシェルに認識させ、brewコマンドが使えるようにする。

eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

※恒久的に反映したい場合は、以下を .zprofile に追加：

echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"' >> ~/.zprofile

ChatGPTによると、このままターミナル上でClustal Omegaをインストールできると思っていたが、インストールされるのはClustalW(古いパッケージ)らしく、公式HPからインストールすることに...

2. Clustal Omega公式HPからファイルをダウンロード

公式HP: http://www.clustal.org/omega/

最初"Standalone Mac binary (PowerPC/64-bit Intel) (1.2.3)"からDLしようとしたが、結局できず、"Source code .tar.gz (1.2.4)"をDLした。

MacなのでDLされた.tar.gzファイルをダブルクリックするだけで解凍してくれた。

2. 解凍後のファイルをインストール

  1. ターミナルを開き、解凍されたディレクトリに移動。例)ダウンロードフォルダに解凍された場合：
cd ~/Downloads/clustal-omega-1.2.4
  1. 解凍したディレクトリ内で次のコマンドを順番に実行してインストール。
./configure
make
sudo make install

ソースコードをコンパイルするためには、まず依存関係を解決する必要がある場合がある。多くの場合、makeコマンドや./configureスクリプトを使ってインストールします。
↪︎コンパイル(Compile)：指定された言語で書かれたコンピュータープログラムを、別の形式や言語の一連の命令に変換する作業のことです。コンパイラーは、その作業を実行するコンピュータープログラムのことです。(出典:MDN Web Docs)

⚠️make実行した後に以下のエラーが表示：
make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
※Makefileはソースコードをコンパイルするための指示が書かれたファイル。
ファイルの中身を確認してみる。

cd ~/Downloads/clustal-omega-1.2.4
ls -l

→Makefileが存在しなかった。
また、grep -i error config.logでconfig.logの中のerrorだけを探したところ、argtable2.hというヘッダーファイル（ライブラリ）が見つからないのが原因でconfigureが止まっていることが判明。

🌀原因：argtable2がファイル内にないため、configureが止まっているらしい。
✅解決法：argtable2をインストール。

brew install argtable

インストール場所を確認：

brew list argtable

その後configureを再実行：
(このとき、argtable2 を認識させるために、CFLAGS と LDFLAGS を使ってインクルードパスとライブラリパスを指定する。by ChatGPT)

./configure CFLAGS="-I/opt/homebrew/include" LDFLAGS="-L/opt/homebrew/lib"

make と make installを実行：

make
sudo make install

インストール完了！

雑記

  • 難しくてChatGPTに頼りまくってしまった。今回はインストールしかやっていないが、回数を重ねていくごとにエラーへの対応方法を学んでいきたい。
  • バイオインフォマティクスではmacOSよりLinuxが主流と聞いて、そちらに移行した方がいいのかと検討中。
  • Markdownもほとんど使ったことがなく、この記事を書くのも一苦労だった。（けど楽しかった。）他の方の記事を見て学んでいきたい。

💬 内容に誤りがあれば、お気軽にコメントでご指摘いただけると嬉しいです。

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