ケモインフォマティクス入門書

ケモインフォマティクス入門書

無料で読める本

ケモインフォマティクスは日本語では「情報化学」と呼ばれる研究領域であり、より速くより良い判断をするためにデータを解析して体系化することを目指すものです。 pythonなどを学び始めて、ケモインフォマティクスも1から学んで行きたいという人向けに書いております。 pythonが少しわかったほうが理解が速いと思いますが、コピーアンドペーストでもコード自体は動きます。 内容としては、ケモインフォマティクスでよく使われる以下の内容について記載しております。 1回目 google colabolatoryの使い方 2回目 pandas 3回目 pubchempy 4回目 rdkit 5回目 openbabelとMOPAC 6回目 scikit-learn 7回目 pycaret 8回目 まとめ で体系的に学べるようにしております。 詳細を学ぶと言うよりも、より深く学ぶためのキッカケになればと思って薄く広く記載しています。各回の最後に自分でコードを動かして確認する演習問題をつけています。 また、現在、随時作成中で不備や間違いなどが多々あると思いますが、ご容赦ください。 動画での講義資料についても作成中です。 ケモインフォマティクスが日本で少しでもより広がったり、興味をもつ人が増えてくれれば幸いです。

Chapters
Chapter 01

はじめに

Chapter 02

【1回目】google colabolatoryでプログラムを実行する

Chapter 03

実行と保存

Chapter 04

プリントやコメントの書き方

Chapter 05

インポートの使い方

Chapter 06

シェルコマンドの実行

Chapter 07

予測変換やヘルプ関数、ショートカット

Chapter 08

プログラムの実行時間の計測、プログラムの書き方は色々ある

Chapter 09

google colabolatoryの補足説明

Chapter 10

【1回目】まとめと課題

Chapter 11

【2回目】Pandasでできること

Chapter 12

Pandasでデータの読み込み

Chapter 13

Pandasでデータの確認

Chapter 14

Pandasでデータの状態確認

Chapter 15

Pandasでデータの欠損状態の確認

Chapter 16

Pandasでデータ(欠損)の置き換えや削除

Chapter 17

Pandasで新しいdfの作成

Chapter 18

Pandasでデータ処理

Chapter 19

Pandasで変数の前処理

Chapter 20

Pandasで集計

Chapter 21

Pandasで可視化

Chapter 22

Pandasでデータの出力

Chapter 23

Pandasやgoogle colabolatoryの補足事項

Chapter 24

【2回目】まとめと課題

Chapter 25

【3回目】pubchempyでできること

Chapter 26

pubchempyで化合物データの確認

Chapter 27

pubchempyで部分構造検索、CIDからの検索

Chapter 28

get_propertiesの使い方とpubchemとpandasの連携

Chapter 29

pubchempyでデータのダウンロード

Chapter 30

pubchempyの補足説明

Chapter 31

【3回目】まとめと課題

Chapter 32

【4回目】RDKitでできること

Chapter 33

RDKitで分子の読み込みと表示

Chapter 34

RDKitで分子のDescriptorを表示

Chapter 35

RDKitで分子のDescriptorを表示

Chapter 36

RDKitで分子の情報の取得

Chapter 37

RDKitで分子の構造変換

Chapter 38

RDKitで部分構造検索

Chapter 39

RDKitの補足事項や参考リンク

Chapter 40

【4回目】まとめと課題

Chapter 41

【5回目】MOPACとopenbabelの練習とファイルの読み取り

Chapter 42

openbabelによるMOPACのインプットファイルの作成_その1_単一分子

Chapter 43

openbabelによるMOPACのインプットファイルの作成_その2_複数分子

Chapter 44

MOPACの実行

Chapter 45

MOPACの計算ファイルの読み取り

Chapter 46

MOPACの補足説明

Chapter 47

【5回目】まとめと課題

Chapter 48

【6回目】Scikit-learnの練習

Chapter 49

データの準備

Chapter 50

トレーニングデータとテストデータの分割

Chapter 51

モデルの学習

Chapter 52

重要度解析

Chapter 53

その他の説明

Chapter 54

【6回目】まとめと課題

Chapter 55

【7回目】Automlの練習

Chapter 56

ライブラリーのインストールと呼び出し

Chapter 57

データの前処理

Chapter 58

モデルの比較

Chapter 59

分析モデルの生成

Chapter 60

チューニング

Chapter 61

可視化

Chapter 62

モデルの評価

Chapter 63

予測とモデルの保存

Chapter 64

補足事項色々

Chapter 65

【7回目】まとめと課題

Chapter 66

【8回目】これまでの復習

Chapter 67

【8回目】まとめと課題

Chapter 68

まとめと展望

Community
Author
poclabweb

ケモインフォマティクス入門書を書いています。 zenn.dev/poclabweb/books/chemoinfomatics_beginner

Topics
¥0今すぐ読む
公開
本文更新
文章量
84,730
価格
0