ケモインフォマティクス入門書

ケモインフォマティクス入門書

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ケモインフォマティクスは日本語では「情報化学」と呼ばれる研究領域であり、より速くより良い判断をするためにデータを解析して体系化することを目指すものです。 pythonなどを学び始めて、ケモインフォマティクスも1から学んで行きたいという人向けに書いております。 pythonが少しわかったほうが理解が速いと思いますが、コピーアンドペーストでもコード自体は動きます。 内容としては、ケモインフォマティクスでよく使われる以下の内容について記載しております。 1回目 google colabolatoryの使い方 2回目 pandas 3回目 pubchempy 4回目 rdkit 5回目 openbabelとMOPAC 6回目 scikit-learn 7回目 pycaret 8回目 まとめ で体系的に学べるようにしております。 詳細を学ぶと言うよりも、より深く学ぶためのキッカケになればと思って薄く広く記載しています。各回の最後に自分でコードを動かして確認する演習問題をつけています。 ケモインフォマティクスが日本で少しでもより広がったり、興味をもつ人が増えてくれれば幸いです。 今後も随時更新予定です。

Chapters
Chapter 01

はじめに

Chapter 02

【1回目】google colabolatoryでプログラムを実行する

Chapter 03

実行と保存

Chapter 04

プリントやコメントの書き方

Chapter 05

インポートの使い方

Chapter 06

シェルコマンドの実行

Chapter 07

予測変換やヘルプ関数、ショートカット

Chapter 08

プログラムの実行時間の計測、プログラムの書き方は色々ある

Chapter 09

google colabolatoryの補足説明

Chapter 10

【1回目】まとめと課題

Chapter 11

【2回目】Pandasでできること

Chapter 12

Pandasを学ぶ理由

Chapter 13

Pandasでデータの読み込み

Chapter 14

Pandasでデータの確認

Chapter 15

Pandasでデータの状態確認

Chapter 16

Pandasでデータの欠損状態の確認

Chapter 17

Pandasでデータ(欠損)の置き換えや削除

Chapter 18

Pandasで新しいdfの作成

Chapter 19

Pandasでデータ処理

Chapter 20

Pandasで変数の前処理

Chapter 21

Pandasで集計

Chapter 22

Pandasで可視化

Chapter 23

Pandasでデータの出力

Chapter 24

Pandasやgoogle colabolatoryの補足事項

Chapter 25

【2回目】まとめと課題

Chapter 26

【3回目】pubchempyでできること

Chapter 27

pubchempyを学ぶ理由と簡単な化合物の表記方法など

Chapter 28

pubchempyのインストールと確認

Chapter 29

pubchempyで化合物データの確認

Chapter 30

pubchempyで名前以外からの検索方法(smiles、分子式、CIDなどからの検索)

Chapter 31

pubchempyでSDFの取得

Chapter 32

get_propertiesの使い方とpubchemとpandasの連携

Chapter 33

pubchempyでデータのダウンロード

Chapter 34

pubchempyの補足説明

Chapter 35

【3回目】まとめと課題

Chapter 36

【4回目】RDKitでできること

Chapter 37

4.0 RDKitを学ぶ理由

Chapter 38

RDKitのインストール方法(呼び出し方法とバージョンの確認)

Chapter 39

4.1 RDKitで分子の読み込みと表示

Chapter 40

RDKitで分子の書き込み

Chapter 41

4.2 RDKitで分子のDescriptorを計算

Chapter 42

RDKitでフィンガープリントを表示

Chapter 43

4.3 RDKitで分子の情報の取得

Chapter 44

4.4 RDKitで分子の構造変換

Chapter 45

RDKitで3D描画

Chapter 46

4.5 RDKitで部分構造検索

Chapter 47

RDKitの補足事項や参考リンク

Chapter 48

【4回目】まとめと課題

Chapter 49

【5回目】MOPACとopenbabelの練習とファイルの読み取り

Chapter 50

MOPACを学ぶ理由

Chapter 51

openbabelによるMOPACのインプットファイルの作成_その1_単一分子

Chapter 52

openbabelによるMOPACのインプットファイルの作成_その2_複数分子

Chapter 53

MOPACの実行

Chapter 54

MOPACの計算ファイルの読み取り

Chapter 55

MOPACの補足説明

Chapter 56

【5回目】まとめと課題

Chapter 57

【6回目】Scikit-learnの練習

Chapter 58

Scikit-learnを学ぶ理由

Chapter 59

データの準備

Chapter 60

トレーニングデータとテストデータの分割

Chapter 61

モデルの学習

Chapter 62

重要度解析

Chapter 63

その他の説明

Chapter 64

補足説明

Chapter 65

【6回目】まとめと課題

Chapter 66

【7回目】Automlの練習

Chapter 67

Automlを学ぶ理由

Chapter 68

ライブラリーのインストールと呼び出し

Chapter 69

データの前処理

Chapter 70

モデルの比較

Chapter 71

分析モデルの生成

Chapter 72

チューニング

Chapter 73

可視化

Chapter 74

モデルの評価

Chapter 75

予測とモデルの保存

Chapter 76

補足事項色々

Chapter 77

【7回目】まとめと課題

Chapter 78

【8回目】これまでの復習

Chapter 79

【8回目】まとめと課題

Chapter 80

まとめと展望

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poclabweb-gotoh
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