Chapter 40

【4回目】まとめと課題

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2022.10.19に更新
このチャプターの目次

4回目の課題

問題1 使用しているRDKitのバージョンを出力せよ。

問題2 "l-ascorbic acid"をRDKitのmolファイルにしてjupyter notebook上に画像を表示させよ。

問題3"l-ascorbic acid"のBertzCTの値を示せ。

問題4 ChEBIに示されたantioxidantのSDFファイルをダウンロードしてRDKitのPandasToolsで読み込め。また、読み込まれた中身のデータをランダムに列を1個表示させよ。行は、'ID', 'ROMol'にすること。

https://www.ebi.ac.uk/chebi/chebiOntology.do?chebiId=CHEBI:22586

問題5 読み込んだSDFファイルのデータフレームにRDKitを用いて"smiles"の項目を追加し、ランダムに列を1個だけ表示せよ。

問題6 読み込んだSDFファイルのデータベースの化合物の中で"fr_Ar_OH", の項目が1以上である化合物だけのデータフレームを作成して個数を比べよ。

git hubのコード

https://github.com/chemoinformatics-lecture/lecture-beginner/tree/main/lesson04_RDKit