Chapter 27

pubchempyで部分構造検索、CIDからの検索

poclabweb
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2022.10.09に更新
このチャプターの目次
  1. 2. 発展的な検索方法（部分構造検索、CIDからの検索）
    1. 化合物名での検索
    2. 分子式で検索
    3. sdfファイルの取得
    4. cidから取得

2. 発展的な検索方法（部分構造検索、CIDからの検索）

化合物名での検索

smilesでの検索(得られた化合物のiupac_nameを表示)

compounds_from_smiles = pcp.get_compounds('C1=CC2=C(C3=C(C=CC=N3)C=C2)N=C1', 'smiles')
compounds_from_smiles[0].iupac_name

分子式で検索

pcp.get_compounds('C20H41Br', 'formula')

汎用的なものだと接続時間エラーになる可能性が高い

sdfファイルの取得

sdf = pcp.get_sdf('quercetine', 'name')
print(sdf)

cidから取得

compound_cid = pcp.Compound.from_cid(6819)
compound_cid.iupac_name

この形式で調べるとリストではなく１つずつ取得できる。