Chapter 47

【5回目】まとめと課題

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2022.10.26に更新

5回目の課題

課題 1

以下のファイルを取得して8個の分子のSMILESからmopacを利用してHOMOを計算せよ。
また計算したファイルを読み取り、SMILES, Name, HOMO, LUMOの列を有するpandasのdataframeを作成せよ。
mopacのkeywordは、 "PM7 EF"とする。

ファイルは、以下のコードを利用して取得せよ。

!wget https://raw.githubusercontent.com/chemoinformatics-lecture/lecture-beginner/main/lesson08_practice/data/soac/test.csv

課題 2

課題1で作成したdfにHOMO-LUMO gapの列を追加せよ。HOMO-LUMO gapは、LUMO マイナス HOMO で算出せよ。
また、HOMO-LUMO gapが、小さい順番にdfを並び替えよ。

git hubのコード

https://github.com/chemoinformatics-lecture/lecture-beginner/tree/main/lesson05_MOPAC