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公共データを用いたRNA-seq解析【Rデータ解析編】 ~Rで始めるドライ研究~

公共データを用いたRNA-seq解析【Rデータ解析編】 ~Rで始めるドライ研究~

📰 概要 シリーズ累計1700冊を突破した大人気シリーズ「公共データを用いた〇〇」の第4弾! Rを使ってRNA-seq解析に挑戦しませんか? 本書は、R言語を使った実践的なRNA-seq解析の技術書です。プログラミング初心者でも公共データを用いてRNA-seq解析を行い、論文図表作成まで行える内容を提供します! RNA-seq(RNA-シーケンシング)は、遺伝子発現を網羅的に解析する強力な手法ですが、データ解析にはプログラミングスキルと専門知識が必要とされ、初心者にとって大きな壁となっています。 本書では、公共データベースに登録されたRNA-seqデータを用いて、R言語によるRNA-seq解析の全工程を解説します。環境構築から始まり、データ取得、前処理、品質管理、発現解析、発現変動遺伝子(DEG)の検出、可視化、機能解析まで、実践的な解析フローを一通り学ぶことができます! DESeq2やedgeRといった主要なRNA-seq解析パッケージの使い方、ggplot2による効果的な可視化、Gene Ontology解析など、論文作成に必要な技術を網羅。プログラミング経験がなくても理解できるよう、コードの意味や各ステップの解説を丁寧に行っています! 実験で忙しいウェット系研究者が短時間で効率的にRNA-seq解析を学び、自身の研究に役立てられるよう構成しています。公共データを活用することで、自前のデータがなくても、あるいは本実験の前に解析フローを確立するための練習として最適です! 👫 対象とする読者 ・RNA-seq解析に興味があるが、何から始めれば良いかわからない人 ・R言語でのプログラミングが初めての生物学研究者 ・RNA-seqデータ解析を外部の専門家に依頼しているが、自分でも理解・実行したい人 ・一般的なウェット実験に忙しく、プログラミングや統計を系統的に学ぶ時間がない人 ・自身の研究に公共データを用いたRNA-seq解析を取り入れたい研究者 ・在野研究で論文を執筆したい社会人、または大学院での業績を増やしたい学生 💰 販売価格 期間限定で ¥4500→¥1500 (約67% OFF!!)で販売しております! 本技術書は随時アップデートされていきます。 一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。 📰 アップデート情報 2025/03/29: 技術書をリリースしました!

Chapters
Chapter 01無料公開

前書き

Chapter 02無料公開

構成(目次)

Chapter 03無料公開

本書で学べる解析

Chapter 04無料公開

宣伝

Chapter 05無料公開

本書の動作確認済み環境

Chapter 06無料公開

📘 第0章:RNA-seqの基礎知識

Chapter 07無料公開

📰 RNA-seq解析の意義

Chapter 08無料公開

📰 なぜR言語を使うのか

Chapter 09無料公開

📰 RNA-seqデータの基本

Chapter 10無料公開

📰 RとBioconductorの概要

Chapter 11無料公開

📘 第1章:RNA-seq解析のための環境構築

Chapter 12無料公開

📰 R/RStudioのインストール

Chapter 13無料公開

📰 rigによるRバージョンの管理

Chapter 14無料公開

📰 プロジェクトの作成

Chapter 15無料公開

📰 renvによるパッケージ管理

Chapter 16無料公開

📰 トラブルシューティング

Chapter 17無料公開

📰 環境構築のチェックリスト

Chapter 18無料公開

📘 第2章:公共データの取得と前処理

Chapter 19

📰 公共データベースの概要

Chapter 20

📰 GEOからのデータ取得とサンプル情報の整理

Chapter 21

📰 カウントデータの前処理

Chapter 22

📰 カウントデータの品質チェック

Chapter 23

📰 発現量データの正規化

Chapter 24

📰 遺伝子アノテーションの活用

Chapter 25無料公開

📘 第3章:発現量解析の基礎

Chapter 26

📰 データの読み込み

Chapter 27

📰 データの探索

Chapter 28

📰 遺伝子発現パターンの解析

Chapter 29

📰 発現パターンの可視化

Chapter 30

📰 高発現遺伝子の同定

Chapter 31

📰 発現量データの解釈

Chapter 32

📰 まとめ

Chapter 33無料公開

📘 第4章:発現変動遺伝子の検出

Chapter 34

📰 データの読み込み

Chapter 35

📰 DESeq2による発現変動解析

Chapter 36

📰 edgeRによる発現変動解析

Chapter 37

📰 発現変動解析結果の可視化

Chapter 38

📰 発現変動遺伝子の生物学的解釈

Chapter 39

📰 遺伝子セットエンリッチメント解析(GSEA)

Chapter 40無料公開

あとがき

Author
LabCode(ラボコード)
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公開
NEW
本文更新
文章量
169,797
価格
1,500
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