📰 概要
シリーズ累計1700冊を突破した大人気シリーズ「公共データを用いた〇〇」の第4弾！

Rを使ってRNA-seq解析に挑戦しませんか？

本書は、R言語を使った実践的なRNA-seq解析の技術書です。プログラミング初心者でも公共データを用いてRNA-seq解析を行い、論文図表作成まで行える内容を提供します!

RNA-seq（RNA-シーケンシング）は、遺伝子発現を網羅的に解析する強力な手法ですが、データ解析にはプログラミングスキルと専門知識が必要とされ、初心者にとって大きな壁となっています。

本書では、公共データベースに登録されたRNA-seqデータを用いて、R言語によるRNA-seq解析の全工程を解説します。環境構築から始まり、データ取得、前処理、品質管理、発現解析、発現変動遺伝子（DEG）の検出、可視化、機能解析まで、実践的な解析フローを一通り学ぶことができます!

DESeq2やedgeRといった主要なRNA-seq解析パッケージの使い方、ggplot2による効果的な可視化、Gene Ontology解析など、論文作成に必要な技術を網羅。プログラミング経験がなくても理解できるよう、コードの意味や各ステップの解説を丁寧に行っています!

実験で忙しいウェット系研究者が短時間で効率的にRNA-seq解析を学び、自身の研究に役立てられるよう構成しています。公共データを活用することで、自前のデータがなくても、あるいは本実験の前に解析フローを確立するための練習として最適です!

👫 対象とする読者
・RNA-seq解析に興味があるが、何から始めれば良いかわからない人
・R言語でのプログラミングが初めての生物学研究者
・RNA-seqデータ解析を外部の専門家に依頼しているが、自分でも理解・実行したい人
・一般的なウェット実験に忙しく、プログラミングや統計を系統的に学ぶ時間がない人
・自身の研究に公共データを用いたRNA-seq解析を取り入れたい研究者
・在野研究で論文を執筆したい社会人、または大学院での業績を増やしたい学生

💰 販売価格
期間限定で ¥4500→¥1500 (約67% OFF!!)で販売しております！

本技術書は随時アップデートされていきます。
一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。

📰 アップデート情報
2025/03/29: 技術書をリリースしました!

公共データを用いたRNA-seq解析【Rデータ解析編】 ~Rで始めるドライ研究~

前書き

構成(目次)

本書で学べる解析

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本書の動作確認済み環境

📘 第0章：RNA-seqの基礎知識

📰 RNA-seq解析の意義

📰 なぜR言語を使うのか

📰 RNA-seqデータの基本

📰 RとBioconductorの概要

📘 第1章：RNA-seq解析のための環境構築

📰 R/RStudioのインストール

📰 rigによるRバージョンの管理

📰 プロジェクトの作成

📰 renvによるパッケージ管理

📰 トラブルシューティング

📰 環境構築のチェックリスト

📘 第2章：公共データの取得と前処理

📰 公共データベースの概要

📰 GEOからのデータ取得とサンプル情報の整理

📰 カウントデータの前処理

📰 カウントデータの品質チェック

📰 発現量データの正規化

📰 遺伝子アノテーションの活用

📘 第3章：発現量解析の基礎

📰 データの読み込み

📰 データの探索

📰 遺伝子発現パターンの解析

📰 発現パターンの可視化

📰 高発現遺伝子の同定

📰 発現量データの解釈

📰 まとめ

📘 第4章：発現変動遺伝子の検出

📰 DESeq2による発現変動解析

📰 edgeRによる発現変動解析

📰 発現変動解析結果の可視化

📰 発現変動遺伝子の生物学的解釈

📰 遺伝子セットエンリッチメント解析（GSEA）

あとがき

bioinformatics

rnaseq

labcode

LabCode（ラボコード）