シングルセル解析あれこれ
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240201~ 記事が増えて管理し辛くなってきたので、シングルセル解析に関する話題はこちらにまとめることにしました。 以後はこちらで更新し、公開記事に関しては閉じていきます。
Chapters
cellranger countをWSLで実行
cellranger multiをWSLで実行
scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Cellranger countの出力~
scRNAseq公開データ読み込み例 ~ 発現マトリクスファイル ~
scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5ファイル ~
scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5adファイル ~
scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Visium ~
【Plot】Seurat plot機能のtips①
【Plot】Seurat plot機能のtips②
【Plot】Seurat plot機能のtips③
【Plot】サンプル内の細胞比率をpie chartで表す
【Plot】サンプル内の細胞比率をtreemapで表す
細胞の抽出 subset()の例
SCTransformで遺伝子数が減るのを防ぐ
🔵 FindAllMarkersの結果をUpSet Plot
【Plot】UpSet Plotから組み合わせパターンごとに遺伝子を取り出す
🔵 各細胞集団のDEGを一度にエンリッチメント解析して比較
シングルセル単位でgene set scoring (1) ~ AddModuleScore ~
シングルセル単位でgene set scoring (2) ~ UCell ~
シングルセル単位でgene set scoring (3) ~ scGSEA ~
シングルセル単位でgene set scoring (4) ~ scGSVA ~
シングルセル単位でgene set scoring (5) ~ AUCell ~
シングルセル単位でgene set scoring (6) ~ スコアの有意差検定 ~
Seurat v5のLayerとは
Seurat v5 Layerを使ったIntegration
Azimuthで細胞のアノテーション付け
特定の細胞バーコードのBAMファイルを取得
Multiplex assayのダブレットをGround truthにしてダブレット除去
細胞集団のPurity/Entropyを計算
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