シングルセル解析あれこれ
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240201~ 記事が増えて管理し辛くなってきたので、シングルセル解析に関する話題はこちらにまとめることにしました。 以後はこちらで更新し、公開記事に関しては閉じていきます。
Chapters
🖥️ cellranger countをWSLで実行
🖥️ cellranger multiをWSLで実行
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Cellranger countの出力~
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ 発現マトリクスファイル ~
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5ファイル ~
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5adファイル ~
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Visium ~
📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ BAMファイル ~
〽️【Plot】Seurat plot機能のtips①
〽️【Plot】Seurat plot機能のtips②
〽️【Plot】Seurat plot機能のtips③
〽️ シングルセルデータのPlotパッケージ（随時更新）
〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をpie chartで表す
〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をtreemapで表す
▶️ 細胞の抽出 subset()の例
▶️ フィルタリング閾値決め 面倒な時には外れ値で細胞を除く
▶️ RawデータからCell dropletをフィルタリングする
▶️ SCTransformで遺伝子数が減るのを防ぐ
▶️ Seurat v5のLayerとは
▶️ Seurat v5 Layerを使ったIntegration
▶️ Featuresをいじる
▶️ SeuratのFindNeighbors()/最近傍グラフ/共有最近傍グラフを理解する
🟠 Azimuthで細胞のアノテーション付け
🟠 clustermoleで細胞アノテーションのヒントを得る
〽️【Plot】クラスター×条件のDEGを見比べる
🔵 FindAllMarkersの結果をUpSet Plot
〽️【Plot】UpSet Plotから組み合わせパターンごとに遺伝子を取り出す
🔵 各細胞集団のDEGを一度にエンリッチメント解析して比較
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (1) ~ AddModuleScore ~
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (2) ~ UCell ~
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (3) ~ scGSEA ~
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (4) ~ scGSVA ~
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (5) ~ AUCell ~
🔵 シングルセル単位でgene set scoring (6) ~ スコアの有意差検定 ~
細胞集団のPurity/Entropyを計算
Multiplex assayのダブレットをGround truthにしてダブレット除去
velocytoのloomファイル作成
Seuratオブジェクトをh5ad形式に変換
特定の細胞バーコードのBAMファイルを取得
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