シングルセル解析あれこれ

シングルセル解析あれこれ

01🖥️ cellranger countをWSLで実行 02🖥️ cellranger multiをWSLで実行 03📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Cellranger countの出力~04📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ 発現マトリクスファイル ~05📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5ファイル ~06📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5adファイル ~07📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Visium ~08〽️【Plot】Seurat plot機能のtips① 09〽️【Plot】Seurat plot機能のtips② 10〽️【Plot】Seurat plot機能のtips③ 11〽️ シングルセルデータのPlotパッケージ（随時更新）12〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をpie chartで表す 13〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をtreemapで表す 14▶️ 細胞の抽出 subset()の例 15▶️ フィルタリング閾値決め　面倒な時には外れ値で細胞を除く 16▶️ RawデータからCell dropletをフィルタリングする 17▶️ SCTransformで遺伝子数が減るのを防ぐ 18▶️ Seurat v5のLayerとは 19▶️ Seurat v5 Layerを使ったIntegration 20▶️ Featuresをいじる 21▶️ SeuratのFindNeighbors()/最近傍グラフ/共有最近傍グラフを理解する 22🟠 Azimuthで細胞のアノテーション付け 23🟠 clustermoleで細胞アノテーションのヒントを得る 24🔵 FindAllMarkersの結果をUpSet Plot 25〽️【Plot】UpSet Plotから組み合わせパターンごとに遺伝子を取り出す 26🔵 各細胞集団のDEGを一度にエンリッチメント解析して比較 27🔵 シングルセル単位でgene set scoring (1) ~ AddModuleScore ~28🔵 シングルセル単位でgene set scoring (2) ~ UCell ~29🔵 シングルセル単位でgene set scoring (3) ~ scGSEA ~30🔵 シングルセル単位でgene set scoring (4) ~ scGSVA ~31🔵 シングルセル単位でgene set scoring (5) ~ AUCell ~32🔵 シングルセル単位でgene set scoring (6) ~ スコアの有意差検定 ~33細胞集団のPurity/Entropyを計算 34Multiplex assayのダブレットをGround truthにしてダブレット除去 35velocytoのloomファイル作成 36Seuratオブジェクトをh5ad形式に変換 37特定の細胞バーコードのBAMファイルを取得 38【Visium】隣接するSpotの同種接続/異種接続をスコアリング

Chapter 20

▶️ Featuresをいじる

Ryota Chijimatsu

2024.09.09に更新