シングルセル解析あれこれ

シングルセル解析あれこれ

01🖥️ cellranger countをWSLで実行 02🖥️ cellranger multiをWSLで実行 03📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Cellranger countの出力~04📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ 発現マトリクスファイル ~05📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5ファイル ~06📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ h5adファイル ~07📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ Visium ~08📖 scRNAseq公開データ読み込み例 ~ BAMファイル ~09〽️【Plot】Seurat plot機能のtips① 10〽️【Plot】Seurat plot機能のtips② 11〽️【Plot】Seurat plot機能のtips③ 12〽️ シングルセルデータのPlotパッケージ（随時更新）13〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をpie chartで表す 14〽️【Plot】サンプル内の細胞比率をtreemapで表す 15▶️ 細胞の抽出 subset()の例 16▶️ フィルタリング閾値決め　面倒な時には外れ値で細胞を除く 17▶️ RawデータからCell dropletをフィルタリングする 18▶️ SCTransformで遺伝子数が減るのを防ぐ 19▶️ Seurat v5のLayerとは 20▶️ Seurat v5 Layerを使ったIntegration 21▶️ Featuresをいじる 22▶️ SeuratのFindNeighbors()/最近傍グラフ/共有最近傍グラフを理解する 23🟠 Azimuthで細胞のアノテーション付け 24🟠 clustermoleで細胞アノテーションのヒントを得る 25〽️【Plot】クラスター×条件のDEGを見比べる 26🔵 FindAllMarkersの結果をUpSet Plot 27〽️【Plot】UpSet Plotから組み合わせパターンごとに遺伝子を取り出す 28🔵 各細胞集団のDEGを一度にエンリッチメント解析して比較 29🔵 シングルセル単位でgene set scoring (1) ~ AddModuleScore ~30🔵 シングルセル単位でgene set scoring (2) ~ UCell ~31🔵 シングルセル単位でgene set scoring (3) ~ scGSEA ~32🔵 シングルセル単位でgene set scoring (4) ~ scGSVA ~33🔵 シングルセル単位でgene set scoring (5) ~ AUCell ~34🔵 シングルセル単位でgene set scoring (6) ~ スコアの有意差検定 ~35細胞集団のPurity/Entropyを計算 36Multiplex assayのダブレットをGround truthにしてダブレット除去 37velocytoのloomファイル作成 38Seuratオブジェクトをh5ad形式に変換 39特定の細胞バーコードのBAMファイルを取得

Chapter 21

▶️ Featuresをいじる

Ryota Chijimatsu

2024.10.12に更新