QuPathスクリプトを使ってバーチャルスライドの画像解析2

Ryota Chijimatsu

QuPathにはメニュー画面には無い隠れた機能が豊富に存在する。それらを操るにはGroovy言語によるscriptingが必要となる。 QuPath scriptingに馴染むことができれば、一連の解析パイプラインを作成し、それを複数データに一括でバッチ処理することが可能になる。それ以上に、機能のカスタムやImageJとの連携、拡張機能など解析の自由度が格段に増すことになる。 かく言う私もQuPathを使うためにGroovyを使い始めた。QuPath自体はJavaで書かれているためQuPathのコマンドを解説する上でJavaの説明も伴うが、私自身Javaは初心者である。しかし特に理解せずともスクリプトは書ける。 本書では、開発者のPete BankheadがYoutubeで紹介している内容や、公式ドキュメント、image.sc等での議論を基に私が作成したスクリプトや解析例を紹介する。非常に多機能なQuPathの全てを網羅する必要はない。章の順番も気にせず自身の解析に必要そうな章だけを読んでいただければよい。 本書ではQuPathスクリプトを使ったより発展的な処理、解析を中心に紹介する。 基幹部分は「QuPathスクリプトを使って画像解析1」を参照してほしい。 https://zenn.dev/rchiji/books/0025385037d794 --------- ※ 2023年12月1日にv0.5がリリースされました。major updateに伴い色々と変更されているようです。本書もv0.5系に対応できるように修正していきます。 https://github.com/qupath/qupath/releases/tag/v0.5.0 QuPath公式ページで紹介されている拡張機能もv0.5に対応したversionがリリースされています。非公式の拡張機能はv0.5では動作しないものもあるようなのでその場合はv0.4とv0.5を使い分けるのが良いかと思います。 240910 本を分けていましたが、行ったり来たりで読みづらいのでスクリプトを扱う章は全てこちらにまとめ直しました。複数章を1つにまとめて章の数を減らしています。索引ページをご参照ください。