QuPathスクリプトを使ってバーチャルスライドの画像解析2

QuPathスクリプトを使ってバーチャルスライドの画像解析2

01索引ページ 02🖥️ Groovy言語入門 03🖥️ QuPathスクリプト入門 04🖥️ Javadocの読み方 05🖥️ QuPathに登録した画像の情報ファイル 06🖥️ 主要なクラス 07🛣️ 解析対象エリアの作成 - Region*アノテーションの作成-08🧿 スクリプトから細胞検出 09🫏 Objectの基本クラス ~ PathObject / PathClass / PathObjectHierarchy ~10🫏 Object操作 ~ リスト取得/フィルタリング/選択/削除 ~11🫏 Objectの形状計測、輝度計測 12🫏 Objectの計測データの確認、追加、削除 13🫏 Objectの計測データを書き出す 14🫏 ObjectのExport, Import 15🐍 ROI操作 ~ ROIの取得、ROIの作成、PathObjectへ変換 ~16🧿 細胞検出の拡張機能【StarDist】17🧿 細胞のフィルタリング 18🛣️ スクリプト内でピクセル分類条件を作成 19🧿 機械学習を用いた細胞分類 20🛣️ 機械学習でピクセル分類 21🛣️ Superpixelを使用したピクセル分類 22🌫️ 周囲の解析 ~ ドロネー図を用いた近傍細胞解析 ~23🌫️ DelaunayTriangulationでドロネー三角形分割 24🌫️ DelaunayToolsでドロネー三角形分割 25🌫️ Density map 26🍪 細胞の教師無しクラスタリング（K-Means/DBSCAN）27🍪 細胞コミュニティをKMeansクラスタリング 28🔬 ImageJ -マウス操作-29🔬 スクリプト内でImageJを使う 30🔬 ImageJ Roi ⇄ QuPath ROI ⇄ PathObject 31🔬 ImageJマクロ 32🔬 ImageJで白黒マスク画像を開いて計測 33🐍 RoiToolsでROI演算 34🐍 ROI演算の応用例 - 周囲の解析 -35🐍 ROI演算の応用例 - 層の解析 -36🐍 ROI演算の応用例 - 層の解析2 -37🐍 ROI演算の応用例 - 層の解析3 -38🐍 ROI演算を用いたObjectの削除ツール（選択ツール)39🐍 Objectの厚みを自動計測 40🐍🧿 タイルの重複領域に作られた細胞の処理 41🐍🌫️ 細胞の角度計算 + 組織の配向 42🐍🔬 Objectの厚みを自動計測2 ImageJ Skeletonize版 43🦣 画像全体の書き出し 44🦣 Objectのバイナリマスク画像を書き出し 45🦣 Objectのラベル画像を書き出し 46🦣 画像の一部領域を書き出し 47🦣 タイル画像の書き出し 48🦣 サムネイル画像の書き出し 49🔬 バイナリマスク画像からQuPathのObjectを作成 [ImageJ版]50🔬 ラベル画像からQuPathのObjectを作成 [ImageJ版]51🫏 マスク/ラベル画像からObject復元 [ContourTracing版]52OMERO extensionでWebから画像をImport 53🖥️ Projectに対する操作１ - 情報取得 -54🖥️ Projectに対する操作２ - 画像の追加/削除 -55🖥️ Metadata 56🖥️ Projectに対する操作3 - Entryの並び替え -57🫏 Objectを他の画像に転送する 58🛣️🫏 ピクセル分類とObject転送の応用例 ~ Scratch assay ~59🪸 アフィン変換とは 60🪸 2枚の画像の位置合わせ拡張機能【Interactive image alignment】61🪸 Objectをアフィン変換して別の画像へ転送する 62🪸 アフィン変換で2つの画像の位置合わせ - 行列算出をスクリプト内で行う -63🪸 2つの画像の位置合わせ - スクリプト内でバッチ処理 -64🪸 ホモグラフィ変換で2つの画像の位置合わせ 65🪸 対応点から変換行列を求める 66🪸 Warpy拡張機能で非線形な位置合わせ 67🖥️ 形状変換したImageServerの新規構築【TransformedServerBuilder】68🖥️ Object領域だけにCropした新規画像をProjectに登録【TransformedServerBuilder】69🖥️ チャンネル操作したImageServerを新規構築【TransformedServerBuilder】70🖥️ ImageOpsで画像処理　チャンネル抽出/デコンボリューション 71🖥️ ImageOpsで画像処理数値演算/正規化/画像フィルタ/二値化 72🧿 細胞検出の拡張機能【Cellpose】73🧿 Cellposeで物体検出モデルを作成１ 74🧿 Cellposeで物体検出モデルを作成２ 75🧿 Cellposeをカラーデコンボリューションした画像に使う 76🧿 Cellposeでスライド丸ごと予測 77🧿 Cellpose カラー画像のモデル作成実践編 78🛣️🧿 Segment anything model 拡張機能【SAM】79⚪ QuPathからPythonを動かす【ProcessBuilder】80⚪ OpenCV-Pythonで位置合わせ1 - Pythonで処理の流れを確認 -81⚪ OpenCV-Pythonで位置合わせ2 - QuPathから実行 -82⚪ SimpleITKで非線形な位置合わせ1 - Pythonで流れを確認 -83⚪ SimpleITKで非線形な位置合わせ2 - QuPathから実行 -84⚪ ObjectのGeoJsonファイルをPythonで扱う 85🖥️ ツールバーにカスタムアイコンを作る 86ご購入頂いた方へ

Chapter 25

🌫️ Density map

Ryota Chijimatsu

2024.09.26に更新