QuPathを使ってバーチャルスライドの画像解析1

Ryota Chijimatsu

QuPathは各社スライドスキャナーのファイル形式に対応した無料のviewer & analyzerである。扱いやすいROI作成ツールに加え、陽性面積や細胞検出などをwhole slide imageの大容量データで簡単に行うことができる。 もちろん通常の顕微鏡画像も扱うことができるうえ、ImageJよりも分かりやすいインターフェイスであるためその汎用性は高い。 本書ではQuPathを主にマウス操作で扱う入門編である。それでも処理をスクリプト化して、バッチ処理することも可能である。 それ以上の処理には自身でスクリプトを書く必要がある。より発展的な使用は次の本を参照してほしい。 https://zenn.dev/rchiji/books/51fbb88213582d なお本書は2023年7月時点で最新のversionであるv0.4.3のQuPathを使用している。