QuPathは各社スライドスキャナーのファイル形式に対応した無料のviewer &amp; analyzerである。扱いやすいROI作成ツールに加え、陽性面積や細胞検出などをwhole slide imageの大容量データで簡単に行うことができる。
もちろん通常の顕微鏡画像も扱うことができるうえ、ImageJよりも分かりやすいインターフェイスであるためその汎用性は高い。

本書ではQuPathを主にマウス操作で扱う入門編である。それでも処理をスクリプト化して、バッチ処理することも可能である。

それ以上の処理には自身でスクリプトを書く必要がある。より発展的な使用は次の本を参照してほしい。
<a href="https://zenn.dev/rchiji/books/51fbb88213582d" target="_blank" rel="nofollow noopener noreferrer">https://zenn.dev/rchiji/books/51fbb88213582d</a>

なお本書は2023年7月時点で最新のversionであるv0.4.3のQuPathを使用している。

(2025年6月末) QuPathのv0.6がリリースされました。
<a href="https://forum.image.sc/t/qupath-v0-6-0-now-available/114104" target="_blank" rel="nofollow noopener noreferrer">https://forum.image.sc/t/qupath-v0-6-0-now-available/114104</a>

QuPathは各社スライドスキャナーのファイル形式に対応した無料のviewer & analyzerである。扱いやすいROI作成ツールに加え、陽性面積や細胞検出などをwhole slide imageの大容量データで簡単に行うことができる。
もちろん通常の顕微鏡画像も扱うことができるうえ、ImageJよりも分かりやすいインターフェイスであるためその汎用性は高い。

本書ではQuPathを主にマウス操作で扱う入門編である。それでも処理をスクリプト化して、バッチ処理することも可能である。

それ以上の処理には自身でスクリプトを書く必要がある。より発展的な使用は次の本を参照してほしい。
https://zenn.dev/rchiji/books/51fbb88213582d

なお本書は2023年7月時点で最新のversionであるv0.4.3のQuPathを使用している。

(2025年6月末) QuPathのv0.6がリリースされました。
https://forum.image.sc/t/qupath-v0-6-0-now-available/114104

QuPathを使ってバーチャルスライドの画像解析1

QuPath インストール

デモデータ

QuPath projectの作成

アノテーション操作

ピクセル分類

細胞検出

自動化、バッチ処理

🦣 画像の書き出し

🔬 ImageJ

java

groovy

画像解析

qupath

histology

Ryota Chijimatsu