自宅でできるin silico創薬【解析編】 ~”おうち創薬”を気軽に楽しもう！~
📰 概要 パソコン操作、プログラミングが苦手な方でも薬物候補化合物をデザインしたい方、気軽にin silico創薬を試したい方、創薬分野に関心のあるエンジニアの方へ。 本書はwetな創薬研究の経験があり、現在ITエンジニアである著者の視点から、wetな研究者からもdryの創薬研究をわかりやすく、またエンジニアの方でも創薬が身近に感じれるように解説した記事になっております。内容も確立された手法から最先端の手法までカバーしております。ぜひin silico創薬を気軽に体験し、あなた独自の新薬を開発してみませんか？ 👫 対象とする読者 ・パソコン操作、プログラミングが苦手な方でも薬物候補化合物活性を解析をしたい方 ・気軽にin silico創薬を試したい方 ・創薬について知りたいエンジニア 📰アップデート情報 2023/09/04: 技術書初版がリリースされました。 2024/02/24: 新章タンパク質ーリガンドのMDシミュレーション追記 2024/03/22: タンパク質-低分子ドッキング、物性予測、毒性予測追記 2024/08/08: 構成大幅変更 2024/08/13: VenomPred 2.0を用いた毒性予測追加 2024/11/02: 全体のコード見直し、修正 2025/02/27: 微修正 2025/08/20: Umbrella sampling、金属イオンを含んだMDシミュレーション追加、全体微修正 📣お知らせ 2024/06 売り上げ部数100冊突破🎉
前書き
構成(目次)
第1章 創薬の仕組み
第2章 タンパク質-タンパク質分子ドッキング
タンパク質の準備
ClusPlo
PatchDock
LZerD pairwise docking
HDock
第3章 水溶液中のタンパク質のMD simulation
GROMACSのインストール
タンパク質の準備
PDBからGROMACSトポロジーへの変換（pdb2gmx）
シミュレーションボックスの設定（editconf）
溶媒の追加（solvate）
イオンの追加（gromppとgenion）
エネルギー最小化（gromppとmdrun）
平衡前のシミュレーション（NVTとNPTエンサンブル）
MDシミュレーション
VMDによるMDシミュレーションの可視化
第4章 タンパク質-リガンドのMD simulation
タンパク質のトポロジーファイルの準備
リガンドのトポロジーファイルの準備
複合体のトポロジーファイルの準備
ボックス定義、溶媒追加
イオン追加
エネルギーの最小化
温度、圧力平衡化
MD シミュレーション
後処理
MD シミュレーションの可視化
第5章 タンパク質-低分子分子ドッキング法 SwissDock
タンパク質の準備
リガンドの準備
Swiss-Dockによる分子ドッキング
第6章 SwissADMEを使った物性評価
Swiss ADMEによる物性評価
各物性説明
Discussion
第7章 毒性予測
OCHEMによる毒性評価
VenomPred 2.0を用いた毒性予測
第8章 Umbrella samplingによるMD simulation
Umbrella Samplingの概要と目的
Umbrella Samplingの流れ
Generate Topology (トポロジー生成)
Define Unit Cell, Solvate and Add Ions
Minimization and Equilibration
Generating Configurations
Umbrella Sampling
Data Analysis (データ解析)
第9章 金属イオンを含む標的へタンパク質へのMD設定
力場への金属イオンの追加
Mnイオンのトポロジーとパラメータの追加
金属イオンの追加した力場でのタンパク質準備
後書き
使用ツール一覧、ライセンス
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