📰 概要
パソコン操作、プログラミングが苦手な方でも薬物候補化合物をデザインしたい方、気軽にin silico創薬を試したい方、創薬分野に関心のあるエンジニアの方へ。
本書はwetな創薬研究の経験があり、現在ITエンジニアである著者の視点から、wetな研究者からもdryの創薬研究をわかりやすく、またエンジニアの方でも創薬が身近に感じれるように解説した記事になっております。内容も確立された手法から最先端の手法までカバーしております。ぜひin silico創薬を気軽に体験し、あなた独自の新薬を開発してみませんか？

👫 対象とする読者
・パソコン操作、プログラミングが苦手な方でも薬物候補化合物活性を解析をしたい方
・気軽にin silico創薬を試したい方
・創薬について知りたいエンジニア

📰アップデート情報
2023/09/04: 技術書初版がリリースされました。
2024/02/24: 新章タンパク質ーリガンドのMDシミュレーション追記
2024/03/22: タンパク質-低分子ドッキング、物性予測、毒性予測追記
2024/08/08: 構成大幅変更
2024/08/13: VenomPred 2.0を用いた毒性予測追加
2024/11/02: 全体のコード見直し、修正
2025/02/27: 微修正
2025/08/20: Umbrella sampling、金属イオンを含んだMDシミュレーション追加、全体微修正

📣お知らせ
2024/06 売り上げ部数100冊突破🎉

自宅でできるin silico創薬【解析編】  ~”おうち創薬”を気軽に楽しもう！~

前書き

構成(目次)

第1章　創薬の仕組み

第2章　タンパク質-タンパク質分子ドッキング

タンパク質の準備

ClusPlo

PatchDock

LZerD pairwise docking

HDock

第3章　水溶液中のタンパク質のMD simulation

GROMACSのインストール

PDBからGROMACSトポロジーへの変換（pdb2gmx）

シミュレーションボックスの設定（editconf）

溶媒の追加（solvate）

イオンの追加（gromppとgenion）

エネルギー最小化（gromppとmdrun）

平衡前のシミュレーション（NVTとNPTエンサンブル）

MDシミュレーション

VMDによるMDシミュレーションの可視化

第4章　タンパク質-リガンドのMD simulation

タンパク質のトポロジーファイルの準備

リガンドのトポロジーファイルの準備

複合体のトポロジーファイルの準備

ボックス定義、溶媒追加

イオン追加

エネルギーの最小化

温度、圧力平衡化

MD シミュレーション

後処理

MD シミュレーションの可視化

第5章　タンパク質-低分子分子ドッキング法 SwissDock

リガンドの準備

Swiss-Dockによる分子ドッキング

第6章　SwissADMEを使った物性評価

Swiss ADMEによる物性評価

各物性説明

Discussion

第7章　毒性予測

OCHEMによる毒性評価

VenomPred 2.0を用いた毒性予測

第8章　Umbrella samplingによるMD simulation

Umbrella Samplingの概要と目的

Umbrella Samplingの流れ

Generate Topology (トポロジー生成)

Define Unit Cell, Solvate and Add Ions

Minimization and Equilibration

Generating Configurations

Umbrella Sampling

Data Analysis (データ解析)

第9章　金属イオンを含む標的へタンパク質へのMD設定

力場への金属イオンの追加

Mnイオンのトポロジーとパラメータの追加

金属イオンの追加した力場でのタンパク質準備

後書き

使用ツール一覧、ライセンス

バイオインフォマティクス

labcode

insilico創薬

インシリコ創薬

おうち創薬

LabCode（ラボコード）