Chapter 04無料公開

第2章 タンパク質-タンパク質分子ドッキング

LabCode(ラボコード)
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2024.08.13に更新
このチャプターの目次

この章を進むにあたって、タンパク質の可視化ツールであるPyMOLのダウンロードをお願いします。
大阪大学の蛋白研究所からインストールの仕方が解説されています。

分子ドッキングとは

分子ドッキングとは、薬品や生体分子(例えばタンパク質)がどのように相互作用するかを予測するコンピュータシミュレーションのことです。特定のタンパク質と薬物(もしくは生体物質)がどのように結合するか、どの部分が互いに触れ合うかを計算し、その結果から薬物の効果を予測します。これは新薬開発などに非常に役立ちます。現在様々なwebで使うことのできる分子ドッキング手法があります。この章ではレプチンとその受容体を例にしながら、様々なドッキング手法を試していきます。

これまでにさまざまなタンパク質ータンパク質ドッキング手法が開発されてきました。それぞれを使いながら、その違いについて記載しています。

この章ではまずタンパク質の準備をします。

まずClusProというタンパク質ータンパク質ドッキング法を使っています。

マゼンダ色のものが元々の配列です。多少ずれて入るものの、同じ箇所に結合していることが見て取れます。

続いて、Patch Dockを使って、ドッキングしています。

次にLZerD pairwise dockingを使って、ドッキングしています。

またHDockを使って、ドッキングしています。

分子ドッキングは種類が沢山あるので、随時更新中です!