このチャプターの目次
この章を進むにあたって、タンパク質の可視化ツールであるPyMOLのダウンロードをお願いします。
大阪大学の蛋白研究所からインストールの仕方が解説されています。
分子ドッキングとは
分子ドッキングとは、薬品や生体分子(例えばタンパク質)がどのように相互作用するかを予測するコンピュータシミュレーションのことです。特定のタンパク質と薬物(もしくは生体物質)がどのように結合するか、どの部分が互いに触れ合うかを計算し、その結果から薬物の効果を予測します。これは新薬開発などに非常に役立ちます。現在様々なwebで使うことのできる分子ドッキング手法があります。この章ではレプチンとその受容体を例にしながら、様々なドッキング手法を試していきます。
これまでにさまざまなタンパク質ータンパク質ドッキング手法が開発されてきました。それぞれを使いながら、その違いについて記載しています。
この章ではまずタンパク質の準備をします。
まずClusProというタンパク質ータンパク質ドッキング法を使っています。
マゼンダ色のものが元々の配列です。多少ずれて入るものの、同じ箇所に結合していることが見て取れます。
続いて、Patch Dockを使って、ドッキングしています。
次にLZerD pairwise dockingを使って、ドッキングしています。
またHDockを使って、ドッキングしています。
分子ドッキングは種類が沢山あるので、随時更新中です!