RNAseq解析ワークフロー 『iDEP』を解読

Ryota Chijimatsu

iDEPはRNAseqデータの解析ウェブツールとして広く使われるようになった。オープンソースであり、背部のRスクリプトやウェブ上で進めた解析結果を再現するためのRコードも取得できるので、自身のローカル環境で再現することも可能である。 iDEPの背部のコマンドを理解すれば、RNAseq解析におけるデータの扱い、処理の考え方がわかるようになる。 この本ではiDEP v0.96のソースコードを嚙み砕いて紹介する。(実際のソースコードは解析の1つ1つをfunction化しているが、1つのfunctionの中に長文で書かれているものもあり、解説しづらいのでfunction化せずに進める。) ※ 解析に必要なパッケージのインストールについては解説していません。エラーメッセージに応じて適宜インストールしてください。 iDEP自体は無償で公開されているものですので、その解説も無償で公開しますが、追加情報については有料ページとさせて頂きました。 ・23年8月 iDEPでのエンリッチメント解析結果からplotを作る例を追加しました。 ・24年1月 さらに深堀りしたエンリッチメント解析の計算スクリプトについては有料ページとさせていただきました。