細胞コミュニティ解析

Ryota Chijimatsu

Segmentation技術の向上や空間オミクス解析の登場で病理画像解析が盛んになり、その細胞の分布、位置関係を解析するニーズが増えている。 1つの細胞とその周囲の細胞を「細胞コミュニティ」と呼ぶことにする。 細胞コミュニティを解析することで、以下のような疑問の解決に繋がる。 - どの細胞種が共起/排他関係なのか - 組織中にはどんなコミュニティがあるのか - 疾患によってコミュニティが変わるのか 細胞コミュニティを計算する際に、グラフ理論を使うと当てはまりが良い。 細胞がノード、距離や相互作用をエッジというグラフに見立てる。 ノードには「どんな細胞」か「遺伝子発現」と言った特徴量を持ち、それがどんなノードとエッジで繋がっているのかを考えていく。 本書ではそれら細胞のコミュニティをグラフを用いて解析した例を紹介する。なお各解析の情報量が多いので一連の解析は章を分けて同じマークを付けている。 ※ 開発者が無償で公開しているものを扱っているので基本は無償で公開しますが、追加の解説や解析は有償とさせて頂きました。