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ArrayExpressからlftpコマンドで巨大なデータをダウンロードする

2024/06/19に公開

WSL

ArrayExpressのデポジットデータで巨大なファイルのダウンロードに躓いた対処を記録しておく。

デモデータ

130例の末梢血サンプルのシングルセル解析論文。2021年 Nature Medicine。

データはArrayExpressにdepositされていた。

ダウンロード可能なファイルを見ると、7.19GBのh5adファイルがあり論文の処理済みデータが落とせそう。

Download all filesをクリックすると、4通りのダウンロード方法を示してくれる。

データが巨大なのでもちろんブラウザからダウンロードは断念。（rdsファイル以外はブラウザからダウンロードできた。）

FTPダウンロードで、Unixを選択すると、ダウンロード工程を示してくれる。

Downloadを押すと、ダウンロードスクリプトが落とせるので、これをWSLで実行すれば良いだけの状態である。とても親切。

（AsperaはIBMでアカウント作ったりがなんか嫌だったので、試していない。）

いざダウンロードスクリプトを実行してみるも、途中で止まる。。。

cat ./E-MTAB-10026-unix-ftp.txt | sh

途中で接続で切れてるのか、タイムアウトしてるのかわからないが、もう一度スクリプトを流しても途中から再開できず。。。

ということでダウンロードスクリプトを見直す。mgetコマンドのところで止まっているようだ。

#!/bin/bash
# Run this file in bash with this command:  ./filename
HOST=ftp.ebi.ac.uk
USER=anonymous
ftp -pinv $HOST <<EOF
user $USER
cd biostudies/fire/E-MTAB-/026/E-MTAB-10026/Files
binary
mget "covid_portal_210320_with_raw.h5ad"
mget "annotation_200112.csv"
mget "scbcr_cellranger_filtered_contig_annotations.csv.gz"
mget "TCR_merged-Updated.tsv"
mget "E-MTAB-10026.idf.txt"
mget "E-MTAB-10026.sdrf.txt"
disconnect
bye
EOF

chatGPTに改善策を聞いて、wget -cやlftpコマンドなどの改善案を教えてもらった。lftpコマンドでうまくいったので記録として残しておく。（その他は試していない。）

lftpが無ければインストールから。

sudo apt install lftp

以下をWSLで打ち込む。

変数設定保存先は任意に変更可能

HOST=ftp.ebi.ac.uk
USER=anonymous
REMOTE_DIR=biostudies/fire/E-MTAB-/026/E-MTAB-10026/Files
LOCAL_DIR=./ # ダウンロード先のディレクトリを指定

lftpでFTPダウンロード

lftp -e "
open ftp://$HOST;
user $USER;
lcd $LOCAL_DIR;
cd $REMOTE_DIR;
mirror --continue --verbose --parallel=2 \
    --include-glob covid_portal_210320_with_raw.h5ad \
    --include-glob annotation_200112.csv \
    --include-glob scbcr_cellranger_filtered_contig_annotations.csv.gz \
    --include-glob TCR_merged-Updated.tsv \
    --include-glob E-MTAB-10026.idf.txt \
    --include-glob E-MTAB-10026.sdrf.txt;
bye;
"

Password:という行が表示され、パスワード要求された。

元のダウンロードスクリプトを見てもそれっぽいのは無いので、何も入れずにEnterを押すだけで進んだ。

PCによっては次のエラーが出ることがあった。

lftp: /home/rchiji/mambaforge/share/mcr-8.3-0/v83/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by lftp)

ググったところ特に追加のインストール無しで、次の箇所にパスを通すと進んだ。

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH

無事ダウンロードが成功した。

REMOTE_DIRの場所とmirror --include-globの指定ファイルを変えれば、他のアクセッション番号のものもいけそう。

デモデータ

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