Zenn
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[WSL][bioinfomatics] Windows11にWSL環境を整える(2)

2023/04/06に公開・約6,000字
R
Bash
WSL 2
Anaconda
#
bioinfomatics
tech

Anaconda

Anacondaは (1) データサイエンスのためのツールの管理 (2) Python仮想環境作成　が行えるプラットフォームである。
Anacondaで公開されているツールであればcondaコマンドでツールをインストールして使うことができるようになる。バイオインフォマティクスツールの多くもAnacondaで公開されている。
(バイオインフォでの利用ではひとまずツールをダウンロードするためのツールぐらいの認識で良いと思う。)

インストール

Anacondaの公式サイトのページ下部 Anaconda InstallersからLinux版をダウンロードする。(トップページのDownloadのリンクからはWindows版のインストーラーがダウンロードされてしまうので注意)

64-Bit (x86) Installer (860 MB)をインストールすることにする。
ブラウザのダウンロード機能を使ってもよいが折角なのでUbuntuのwgetコマンドでダウンロードしてみる。

インストーラーのダウンロード
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh


wgetの画面

wgetを使えばホームディレクトリにダウンロードされているため以後の処理がやりやすい。

sh拡張子のインストーラーをshコマンドで実行する。

インストール
sh Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh

Enterを押し続けて誓約書的なものをすべて表示させるとyesかnoか打ち込むように言われるのでyes。その後もインストール先を聞かれたりとあるが、デフォルトの設定のままでEnterやyesをしていく。

途中で以下のメッセージが出るのでyesと打っておくと、.bashrcにanacondaへのパスが通るように追記される。

Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]

.bashrcを開いてみて追記がされていないようであれば、以下を追記しておくとよい。※ /home/rchijiの箇所は自分の環境に合わせる。

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/rchiji/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/rchiji/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/rchiji/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/rchiji/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

Ubuntuを立ち上げなおしてwhich condaでcondaコマンドへのパスが表示されれば成功である。

echo $PATHで通っているパスが確認できる。以下のようにanaconda3/binが表示されない場合は手動でパスを通さなければならない。

パスを通すと検索すれば沢山情報が出てくるのでここでは解説しないが、上記の.profile (.bash_profile)や.bashrcに以下のように追記しておけばよい。(/home/rchiji/の箇所は自分のものに置き換える。)

export PATH="/home/rchiji/anaconda3/bin:$PATH"

conda installコマンドでツールをインストール

試しにconda installでfastqcをインストールしてみる。Anacondaで管理されているツールはインストールコマンドも紹介してくれているので、それをコピぺで使えばよい。
https://anaconda.org/bioconda/fastqc

fastqcのインストール
conda install -c bioconda fastqc

conda installでインストールするとanaconda3/binフォルダの中にツールの実行ファイルが入るため追加でパスを通したりする必要はない。

fastqcの実行ファイルの場所を表示
which fastqc

condaを介さずにどこかしらかソースコードを取ってきて使用するのであれば、そのファイルの保存先にパスを通す必要が出てくる。

IGV

WSL2になりGUIアプリが扱いやすくなったため、ゲノムブラウザのIGVもUbuntuから立ち上げるのに苦労しなくなった。

IGVのインストール
# igv v2.13.2
conda install -c bioconda igv -y

igvと打つだけでIGVのウィンドウが立ち上がる。

IGVの起動
igv

R

Windows版Rでは並列実行パッケージが使えないものがあるが、WSLでRを使えばそれは解決できる。

Rのインストール
sudo apt install r-base


Rの起動
R

Rのversion 4.1.2がインストールされていた。

Rの最新版をインストール

CRANのページからUbuntuを選択すると、Ubuntuに最新のRを入れるコマンドが出てくる。
https://cran.r-project.org/

sudo apt update
sudo apt upgrade

sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
Rの起動
R

version 4.2.3のRがインストールされた。

RStudio server

Rを使うならやはりRStudioが使えないと不便である。WSLでもRStudioが使える。
ブラウザを介して使用するRStudio server版のインストールを行う。(GUIアプリ版もあるのだが、日本語を使えるようにするのが難しかったのであきらめた。)

# インストールに必要なツールを入れておく
sudo apt install gdebi-core

# インストーラーのダウンロード
wget https://rstudio.org/download/latest/stable/server/bionic/rstudio-server-latest-amd64.deb

# RStudio serverのインストール
sudo gdebi rstudio-server-latest-amd64.deb

以下のエラーが出た。Ubuntu 22.04で報告されている問題みたい。

Dependency is not satisfiable: libssl1.0.0|libssl1.0.2|libssl1.1

libsslを入れてみたが、同じエラーだった。

sudo apt install libssl-dev

こちらのページから日々更新されているインストーラーが得られるとのことだったので、一番最新のインストーラーをダウンロードしてみた。
https://dailies.rstudio.com/rstudio/mountain-hydrangea/server/jammy-amd64/

# インストーラーのダウンロード
wget https://s3.amazonaws.com/rstudio-ide-build/server/jammy/amd64/rstudio-server-2023.05.0-daily-191-amd64.deb

# インストール
sudo gdebi rstudio-server-2023.05.0-daily-191-amd64.deb

成功

RStudio serverの開始

sudo rstudio-server start

何かウィンドウが開くわけでもないが、実際にはブラウザで http://localhost:8787 にアクセスすると使えるようになっている。

ブラウザでアクセスするとサインイン画面が出てくる。このUsernameとPasswordはUbuntuインストール時に設定したものと同じ。

サインインするとソフトウェア版のRStudioと同様の画面が立ち上がる。操作方法も同じ。

サインイン画面に戻る時間を変更

デフォルトでは60分放置すると毎回サインイン画面に戻るので面倒である。rserver.confファイルに設定を書き込めばいいとのこと。

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf

以下を書き込む。vimでrserver.confが開かれたら、Insertキー -> 書き込む -> Escキー -> :wqで編集できる。この例では 72時間 * 60分 = 4320を入れた。
auth-timeout-minutes=4320


catで中身を確認

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