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読者コミュニティ|ケモインフォマティクス理論(機械学習編)

Ryota_1Ryota_1

初めまして、
貴殿の本を参考にさせていただいております。
一つ質問がございます。
Pubchempyでの検索に関しまして、InChIによる検索も可能とございましたが、具体的な引数などはご存知でしょうか?公式のドキュメントを参照しても分からなかったです。
教えていただけますと幸いです。

poclabwebpoclabweb

コメントありがとうございます。

InChIがわかったら、そのままRDKitやopen Babelで読み込んで処理することが多いので私自身あまり使ったことがないのですが、以下のようにすると検索できます。

例えば、アセトンのinchiは、'InChI=1S/C3H6O/c1-3(2)4/h1-2H3'ですが、

import pubchempy as pcp
compounds_from_inchi = pcp.get_compounds('InChI=1S/C3H6O/c1-3(2)4/h1-2H3', 'inchi')
compounds_from_inchi[0].iupac_name

を行うと

propan-2-one

が出力されました。

そのほかの簡単なコードなどは、以下のサイトで紹介しております。
https://zenn.dev/poclabweb/books/chemoinfomatics_beginner/viewer/lesson03_01_pubchempy

Ryota_1Ryota_1

ご返信ありがとうございます。

一般的な仕様だとInChiの同定が目標のようですね。
ご検討くださりありがとうございます。
私の方でも同様に出力が確認できました。
どうやら、"inchi"のレターケースが間違っていたようです。
ありがとうございました。

Ryota