【初心者向け】公共データを用いたRNA-seq解析  ~自宅PCからドライ研究をスタート~

【初心者向け】公共データを用いたRNA-seq解析 ~自宅PCからドライ研究をスタート~

公共データベース登録済みのRNA-seqデータを用いてドライ研究を始めてみませんか? 本書は公共DBに登録されているRNA-seqデータを用いて解析するので、必要なものは自分のPCだけで費用は一切かかりません。本著の内容は、RNA−seq解析の環境構築方法やコマンドライン操作方法から初め、公共データベースから自身の研究に関連するRNA-seqデータを探す方法も解説しており、ドライ研究初心者の方でもRNA-seq解析に挑戦できるようになっております。実際のRNA-seq解析では、RNA-seq解析自動パイプラインツールikraを用いることで、RNA-seq解析に必要な各種ツールの使い方を覚える必要はなく、ウェット研究の合間だけで解析方法を習得できるよう学習コストを下げています。さらに本著では、ikraを用いて実際に論文に掲載されているメタ解析の手法も紹介しており、本著の内容に取り組むだけで、論文に必要なデータを集めることが可能です。 ドライ解析に興味があるけど、なかなか勉強時間を取ることができない方、何から勉強したらよいかわからない方、本著のRNA-seq解析から始めることをおすすめします。 【対象とする読者】 - 生物化学分野でウェット研究メインで取り組んでいる人 - 公共データを用いたRNA-seq解析に漠然と憧れがある人 - 普段の実験が忙しすぎてプログラミングや統計まで勉強する時間がとれない人 - 在野研究で論文を執筆したい社会人 - 大学院での業績を増やしたい学生 【販売価格】 期間限定で ¥2500→¥1500 (40% OFF!!)で販売しております! 【お知らせ】 🎉Zennの本のTrendingで2位を獲得、Featuredでもご紹介いただきました!! 本の発行部数が600冊を超えました!たくさんの方にご購入いただき大変うれしい限りです! 📰直近のアップデート情報 2022/11/20:第2章の軽微な修正を行いました。 2022/12/25:第2章の大幅加筆を行いました。 2023/01/29:第2章、第3章の修正、ikraエラー報告フォームの設置を行いました。 2023/03/2:第3章を見やすく修正を行いました。 2023/07/2:第1章のPC環境構築に関する項目の修正を行いました。 2023/08/17:第1章,第2章の修正を行いました。 2023/11/03:各章の整理・無料枠の拡大を行いました。 2023/12/03:新章「Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析」を追加しました。 2024/01/01:第4章の軽微な修正を行いました。 2024/01/15:第2章の大幅な追記を行いました。 2024/05/19:第3章のMetascapeに関する大幅な追記を行いました。 2024/06/13:第2章の大幅加筆を行いました。 2024/09/09:第2章の軽微な修正を行いました。

Chapters
Chapter 01無料公開

前書き

Chapter 02無料公開

構成(目次)

Chapter 03無料公開

📘 第1章:RNA-seq解析を始める準備

Chapter 04無料公開

📰 RNA-seq解析を行う環境構築

Chapter 05無料公開

📰【Windowsの方向け】Ubuntu環境の構築

Chapter 06無料公開

📰 コマンドライン基本操作

Chapter 07無料公開

📘 第2章:公共データを用いたRNA-seq解析を行う

Chapter 08無料公開

📰 解析で扱うデータについて

Chapter 09無料公開

📰 NCBI GEOからRNA-seqデータを探す方法

Chapter 10無料公開

📰 (非推奨)AOEについて

Chapter 11無料公開

📰 (非推奨)AOEのAPIを使ってRNA-seqデータをもっと効率的に探す方法

Chapter 12

📰 ikraについて

Chapter 13

📰 ikraへ読み込ませるデータ準備

Chapter 14

📰 ikraを実行してみよう

Chapter 15

📰 ikraでよくあるエラー集

Chapter 16

📰 RaNA-seqの概要と準備

Chapter 17

📰 RaNA-seqにデータをセットする

Chapter 18

📰 RaNA-seqの結果の参照

Chapter 19無料公開

📘 第3章:RNA-seq解析で得られたデータを解釈する

Chapter 20

📰 iDEPの使い方

Chapter 21

📰 メタ解析

Chapter 22

📰 エンリッチメント解析

Chapter 23無料公開

📘 第4章:Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析

Chapter 24

📰 Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析(Gene Network Analysis)とは

Chapter 25

📰 Cytoscapeをインストールする

Chapter 26

📰 Cytoscapeの画面について

Chapter 27

📰 Cytoscapeの基本操作

Chapter 28

📰 Cytoscapeにプラグインを読み込ませる

Chapter 29

📰 CytoscapeでstringAppを使ってタンパク質間相互作用のネットワークを描画する

Chapter 30無料公開

あとがき

Author
LabCode(ラボコード)
Topics
公開
本文更新
文章量
68,917
価格
1,500
「適格請求書発行事業者」登録済み