公共データベース登録済みのRNA-seqデータを用いてドライ研究を始めてみませんか？

本書は公共DBに登録されているRNA-seqデータを用いて解析するので、必要なものは自分のPCだけで費用は一切かかりません。本著の内容は、RNA−seq解析の環境構築方法やコマンドライン操作方法から初め、公共データベースから自身の研究に関連するRNA-seqデータを探す方法も解説しており、ドライ研究初心者の方でもRNA-seq解析に挑戦できるようになっております。実際のRNA-seq解析では、RNA-seq解析自動パイプラインツールikraを用いることで、RNA-seq解析に必要な各種ツールの使い方を覚える必要はなく、ウェット研究の合間だけで解析方法を習得できるよう学習コストを下げています。さらに本著では、ikraを用いて実際に論文に掲載されているメタ解析の手法も紹介しており、本著の内容に取り組むだけで、論文に必要なデータを集めることが可能です。

ドライ解析に興味があるけど、なかなか勉強時間を取ることができない方、何から勉強したらよいかわからない方、本著のRNA-seq解析から始めることをおすすめします。


【対象とする読者】
- 生物化学分野でウェット研究メインで取り組んでいる人
- 公共データを用いたRNA-seq解析に漠然と憧れがある人
- 普段の実験が忙しすぎてプログラミングや統計まで勉強する時間がとれない人
- 在野研究で論文を執筆したい社会人
- 大学院での業績を増やしたい学生


【販売価格】
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【お知らせ】
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📰直近のアップデート情報
2022/11/20：第2章の軽微な修正を行いました。
2022/12/25：第2章の大幅加筆を行いました。
2023/01/29：第2章、第3章の修正、ikraエラー報告フォームの設置を行いました。
2023/03/2：第3章を見やすく修正を行いました。
2023/07/2：第1章のPC環境構築に関する項目の修正を行いました。
2023/08/17：第1章,第2章の修正を行いました。
2023/11/03：各章の整理・無料枠の拡大を行いました。
2023/12/03：新章「Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析」を追加しました。
2024/01/01：第4章の軽微な修正を行いました。
2024/01/15：第2章の大幅な追記を行いました。
2024/05/19：第3章のMetascapeに関する大幅な追記を行いました。
2024/06/13：第2章の大幅加筆を行いました。
2024/09/09：第2章の軽微な修正を行いました。

【初心者向け】公共データを用いたRNA-seq解析  ~自宅PCからドライ研究をスタート~

前書き

構成(目次)

📘 第1章：RNA-seq解析を始める準備

📰 RNA-seq解析を行う環境構築

📰【Windowsの方向け】Ubuntu環境の構築

📰 コマンドライン基本操作

📘 第2章：公共データを用いたRNA-seq解析を行う

📰 解析で扱うデータについて

📰 NCBI GEOからRNA-seqデータを探す方法

📰 (非推奨)AOEについて

📰 (非推奨)AOEのAPIを使ってRNA-seqデータをもっと効率的に探す方法

📰 ikraについて

📰 ikraへ読み込ませるデータ準備

📰 ikraを実行してみよう

📰 ikraでよくあるエラー集

📰 RaNA-seqの概要と準備

📰 RaNA-seqにデータをセットする

📰 RaNA-seqの結果の参照

📘 第3章：RNA-seq解析で得られたデータを解釈する

📰 iDEPの使い方

📰 メタ解析

📰 エンリッチメント解析

📘 第4章：Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析

📰 Cytoscapeを用いた遺伝子ネットワーク解析（Gene Network Analysis）とは

📰 Cytoscapeをインストールする

📰 Cytoscapeの画面について

📰 Cytoscapeの基本操作

📰 Cytoscapeにプラグインを読み込ませる

📰 CytoscapeでstringAppを使ってタンパク質間相互作用のネットワークを描画する