【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン 〜新規デザインから物性評価まで~

【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン 〜新規デザインから物性評価まで~

📰 概要 本書『【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン』は、タンパク質デザイン・モデリングに焦点を当て、初めてこの分野に参入する方向けに、それぞれの手法の説明から、環境構築、実際の使い方まで網羅しております。 タンパク質デザインは、タンパク質構造予測するAlphaFold2が2024年にノーベル賞を取ったのを皮切りに、一気に注目を集めるようになりました。現在ではタンパク質の構造を予測するだけでなく、新規タンパク質(De Novoタンパク質)のデザインも注目を浴びており、本書はその内容を含んでいます。 本書では実際にin silicoパートで用いられるタンパク質デザイン→構造予測→物性評価の一連の流れの各ツールを紹介し、かつ具体的な解析手順を示しながら、初学者が一通りのタンパク質デザインの流れを習得できるようにサポートしております。 👫 対象とする読者 本書は以下のようなin silicoタンパク質デザイン手法を習得したい読者を対象としています。 ・ 大学院生・ポスドクなどの若手研究者 ・ 大学や研究機関に所属する薬学・バイオ・生命科学分野の研究者 ・ 製薬会社・バイオベンチャー企業で勤務する研究者・技術者 ・ in silicoタンパク質デザイン手法を初めて学ぶ方で、これらの手法を実践的に学びたい方 🚀 読者が本書を通じて得られるもの ・ in silicoタンパク質デザインの基礎知識と実践スキル ・ 実際に解析を進める際の具体的な手順と注意点 ・ 商用および研究目的で利用可能なソフトウェアやデータベースの使い方 ・ 解析結果を効果的に評価・可視化するためのノウハウ 本書を読むことで、読者はin silicoタンパク質デザインを軸とした現代的なタンパク質デザイン手法をマスターし、実践的な研究・開発力を高めることができます。 ✨ アップデート情報 ・ 2025/6/29 技術書初版がリリースされました。 今後のアップデート情報 ・タンパク質デザインツール(Bolz, Chai-1, Protenix)追加予定

Chapters
Chapter 01無料公開

前書き

Chapter 02無料公開

目次

Chapter 03無料公開

📘 第0章:本書の目的と概要

Chapter 04無料公開

📘 第1章:RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2によるタンパク質デザイン

Chapter 05無料公開

📰 RF Diffusion とは?

Chapter 06無料公開

📰 ProteinMPNN と AF2 とは? とは?

Chapter 07

📰 RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2 を使った一連の in silico 創薬

Chapter 08

📰 結合剤の生成アニメーション

Chapter 09

📰 結果

Chapter 10

📰 既存の構造との重ね合わせ

Chapter 11無料公開

📘 第2章:OSPREY 3.0を使ったタンパク質再設計

Chapter 12無料公開

📰 OSPREY とは?

Chapter 13無料公開

📰 OSPREY の環境構築

Chapter 14

📰 OSPREY を利用した最安定構造の発見

Chapter 15

📰 結果

Chapter 16無料公開

📘 第3章:EvoProtGradを用いたタンパク質のin silico指向性進化

Chapter 17無料公開

📰 タンパク質言語モデル、MCMC、指向性進化とは

Chapter 18無料公開

📰 EvoProtGrad とは

Chapter 19

📰 EvoProtGrad を利用したタンパク質の進化

Chapter 20

📰 コードの詳細な説明

Chapter 21無料公開

📘 第4章:機械学習によるタンパク質の変異設計、In Silicoスクリーニング、分子ドッキング

Chapter 22無料公開

📰 In Silico Evolution Pipeline とは

Chapter 23無料公開

📰 結果

Chapter 24無料公開

📘 第5章:Alphafold Analysisによるタンパク質の分析

Chapter 25無料公開

📰 Alphafold Analysis とは?

Chapter 26

📰 Alphafold Analysis を利用した構造予測結果の分析

Chapter 27

📰 スコアによる分析

Chapter 28

📰 プロットによる分析

Chapter 29

📰 スコアの計算

Chapter 30

📰 クラスタリングによる分析

Chapter 31

📰 コードの解説

Chapter 32無料公開

📘 第6章:Homology modelingによる構造予測

Chapter 33無料公開

📰 Homology Modeling、SWISS-MODEL とは

Chapter 34

📰 Swiss-Moldel を使った Homology modeling

Chapter 35

📰 Homology modeling の結果

Chapter 36無料公開

📘第7章 MD simulationを用いたタンパク質の安定化

Chapter 37無料公開

📰 windowsでのGROMACSの環境構築

Chapter 38無料公開

📰 MacでのGROMACSのインストール

Chapter 39無料公開

📰 タンパク質準備

Chapter 40

📰 PDBからGROMACSトポロジーへの変換

Chapter 41

📰 ボックス作成と溶媒の追加

Chapter 42

📰 イオンの追加(中性化)

Chapter 43

📰 エネルギー最小化

Chapter 44

📰 平衡化(NVT & NPT)

Chapter 45

📰 MDシミュレーション

Chapter 46

📰 可視化

Chapter 47

📰 RMSD解析

Chapter 48

📰 安定な構造の抽出

Chapter 49無料公開

📘 第8章:MACEによる機械学習を用いたMD simulation

Chapter 50無料公開

📰 MACE, 機械学習ポテンシャル, 分子動力学計算(MD)とは

Chapter 51

📰 MACE による簡易的な分子動力学計算

Chapter 52

📰 詳細なコード説明

Chapter 53無料公開

📘 第9章:Protein-solによるタンパク質の特性解析

Chapter 54無料公開

📰 Protein-Sol とは?

Chapter 55

📰 Sequence Predictionによるタンパク質の可溶性予測

Chapter 56

📰 Patches によるタンパク質の表面電荷・疎水性表面予測

Chapter 57

📰 Heatmapによる溶媒中(イオン強度・pH)での熱力学的安定性・電荷の変化予測

Chapter 58無料公開

後書き

Chapter 59無料公開

本書で用いるツールのライセンス一覧

Author
LabCode(ラボコード)
Topics
公開
NEW
文章量
121,013
価格
1,500
「適格請求書発行事業者」登録済み