【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン 〜新規デザインから物性評価まで~
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【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン 〜新規デザインから物性評価まで~
【初心者向け】各種ツールで学ぶin silicoタンパク質デザイン 〜新規デザインから物性評価まで~
01前書き02目次03📘 第0章:本書の目的と概要04📘 第1章:RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2によるタンパク質デザイン05📰 RF Diffusion とは?06📰 ProteinMPNN と AF2 とは? とは?07📰 RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2 を使った一連の in silico 創薬08📰 結合剤の生成アニメーション09📰 結果10📰 既存の構造との重ね合わせ11📘 第2章:OSPREY 3.0を使ったタンパク質再設計12📰 OSPREY とは?13📰 OSPREY の環境構築14📰 OSPREY を利用した最安定構造の発見15📰 結果16📘 第3章:EvoProtGradを用いたタンパク質のin silico指向性進化17📰 タンパク質言語モデル、MCMC、指向性進化とは18📰 EvoProtGrad とは19📰 EvoProtGrad を利用したタンパク質の進化20📰 コードの詳細な説明21📘 第4章:機械学習によるタンパク質の変異設計、In Silicoスクリーニング、分子ドッキング22📰 In Silico Evolution Pipeline とは23📰 結果24📘 第5章:Alphafold Analysisによるタンパク質の分析25📰 Alphafold Analysis とは?26📰 Alphafold Analysis を利用した構造予測結果の分析27📰 スコアによる分析28📰 プロットによる分析29📰 スコアの計算30📰 クラスタリングによる分析31📰 コードの解説32📘 第6章:Homology modelingによる構造予測33📰 Homology Modeling、SWISS-MODEL とは34📰 Swiss-Moldel を使った Homology modeling35📰 Homology modeling の結果36📘第7章 MD simulationを用いたタンパク質の安定化37📰 windowsでのGROMACSの環境構築38📰 MacでのGROMACSのインストール39📰 タンパク質準備40📰 PDBからGROMACSトポロジーへの変換41📰 ボックス作成と溶媒の追加42📰 イオンの追加(中性化)43📰 エネルギー最小化44📰 平衡化(NVT & NPT)45📰 MDシミュレーション46📰 可視化47📰 RMSD解析48📰 安定な構造の抽出49📘 第8章:MACEによる機械学習を用いたMD simulation50📰 MACE, 機械学習ポテンシャル, 分子動力学計算(MD)とは51📰 MACE による簡易的な分子動力学計算52📰 詳細なコード説明53📘 第9章:Protein-solによるタンパク質の特性解析54📰 Protein-Sol とは?55📰 Sequence Predictionによるタンパク質の可溶性予測56📰 Patches によるタンパク質の表面電荷・疎水性表面予測57📰 Heatmapによる溶媒中(イオン強度・pH)での熱力学的安定性・電荷の変化予測58後書き59本書で用いるツールのライセンス一覧
Chapter 47

📰 RMSD解析

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2025.06.29に更新