公共データを用いたシングルセルダイナミクス解析 Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析のやり方

公共データを用いたシングルセルダイナミクス解析 Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析のやり方

📰 概要 シリーズ累計1500冊を突破した大人気シリーズ「公共データを用いた〇〇」の第3弾! Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析といったシングルセルダイナミクス解析に挑戦しませんか? Single Cell RNA-seq(scRNA-seq)は、個々の細胞レベルでの遺伝子発現解析を可能にし、現代の生物学的研究に革新をもたらしていますが、プログラミングの専門知識や各種ライブラリの理解を必要とするため、多くの研究者、特にウェットラボ中心の研究者にとって大きな障壁となっています。特にシングルセルデータを用いた細胞ダイナミクスを解析することは、トップジャーナル掲載のための重要なファクターになっていたりもします。 本書は、シングルセルダイナミクス解析の実践的な解説書として、Trajectory解析、RNA Velocity解析、そして空間トランスクリプトーム解析といった、より高度な解析手法に焦点を当てています。 本書では、各解析手法の理論的背景から、必要なソフトウェアのインストール、具体的な解析手順までを、豊富な図表を用いて丁寧に解説していますので、プログラミング経験の少ない方でも安心して読み進めることができます。 本書を通じて、Trajectory解析、RNA Velocity解析、そして空間トランスクリプトーム解析を習得し、あなたの研究を加速させましょう! 👫 対象とする読者 ・Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析を扱ったことがないが興味がある人 ・SeuratやScanpyで少しだけシングルセルRNA-seq解析に挑戦したことがある人 ・自分の研究にTrajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析を取り入れたい人 ・ウェットラボでの実験が中心で、プログラミングや統計解析に時間を割くことが難しい研究者 ・独学で研究を進め、論文執筆や学位取得を目指している人 💰 販売価格 期間限定で ¥4000→¥1000 (約75% OFF!!)で販売しております! 本技術書は随時アップデートされていきます。 一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。 【お知らせ】 2025/01/05:🎉Zennの本のTrendingで3位を獲得しました!! 📰 アップデート情報 2025/01/04: 技術書を1次リリースしました! 2025/01/05: 軽微な修正を行いました。

Chapters
Chapter 01無料公開

まえがき

Chapter 02無料公開

構成(目次)

Chapter 03無料公開

動作確認済み環境

Chapter 04無料公開

📘 第1章:解析環境について

Chapter 05無料公開

📰 シングルセルダイナミクス解析を行うためのPCスペック

Chapter 06無料公開

📰 RとRstudioのインストール

Chapter 07無料公開

📰 Python環境:Google Colabについて

Chapter 08無料公開

📘 第2章:Trajectory解析

Chapter 09無料公開

📰 Trajectory解析の概要

Chapter 10無料公開

📰 Monocle3の概要

Chapter 11

📰 Monocle3のインストールができない問題

Chapter 12

📰 rigとrenvについて

Chapter 13

📰 rigとrenvを使ったTrajectory解析環境構築

Chapter 14

📰 Trajectory解析環境にMonocle3をインストールする

Chapter 15

📰 【補足】パッケージ情報の更新と作業ディレクトリの変更方法

Chapter 16

📰 Monocle3の基本的な使い方

Chapter 17

📰 Monocle3を使ったTrajectory解析の実装方法

Chapter 18

📰 10x Genomics Cell Rangerの出力ファイルでTrajectory解析の実装方法

Chapter 19無料公開

📘 第3章:RNA Velocity解析

Chapter 20無料公開

📰 RNA Velocity解析の概要

Chapter 21無料公開

📰 velocytoについて

Chapter 22

📰 BAMファイルからのVelocity解析のワークフロー

Chapter 23

📰 velocytoに必要なファイル準備

Chapter 24

📰 velocytoを用いたloomファイルの作成方法

Chapter 25無料公開

📰 scVeloの概要

Chapter 26

📰 scVeloを用いたRNA Velocity解析の実装方法

Chapter 27無料公開

📘 第4章:空間トランスクリプトーム解析

Chapter 28無料公開

📰 空間トランスクリプトーム解析の概要

Chapter 29無料公開

📰 Scanpyの概要

Chapter 30

📰 Scanpyを用いた空間トランスクリプトーム解析の実装方法

Chapter 31無料公開

あとがき

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LabCode(ラボコード)
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公開
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