📰 概要
シリーズ累計1500冊を突破した大人気シリーズ「公共データを用いた〇〇」の第3弾！

Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析といったシングルセルダイナミクス解析に挑戦しませんか？

Single Cell RNA-seq(scRNA-seq)は、個々の細胞レベルでの遺伝子発現解析を可能にし、現代の生物学的研究に革新をもたらしていますが、プログラミングの専門知識や各種ライブラリの理解を必要とするため、多くの研究者、特にウェットラボ中心の研究者にとって大きな障壁となっています。特にシングルセルデータを用いた細胞ダイナミクスを解析することは、トップジャーナル掲載のための重要なファクターになっていたりもします。

本書は、シングルセルダイナミクス解析の実践的な解説書として、Trajectory解析、RNA Velocity解析、そして空間トランスクリプトーム解析といった、より高度な解析手法に焦点を当てています。

本書では、各解析手法の理論的背景から、必要なソフトウェアのインストール、具体的な解析手順までを、豊富な図表を用いて丁寧に解説していますので、プログラミング経験の少ない方でも安心して読み進めることができます。

本書を通じて、Trajectory解析、RNA Velocity解析、そして空間トランスクリプトーム解析を習得し、あなたの研究を加速させましょう！

👫 対象とする読者
・Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析を扱ったことがないが興味がある人
・SeuratやScanpyで少しだけシングルセルRNA-seq解析に挑戦したことがある人
・自分の研究にTrajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析を取り入れたい人
・ウェットラボでの実験が中心で、プログラミングや統計解析に時間を割くことが難しい研究者
・独学で研究を進め、論文執筆や学位取得を目指している人

💰 販売価格
期間限定で ¥4000→¥1000 (約75% OFF!!)で販売しております！

本技術書は随時アップデートされていきます。
一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。

【お知らせ】
2025/01/05：🎉Zennの本のTrendingで3位を獲得しました!!

📰 アップデート情報
2025/01/04: 技術書を1次リリースしました!
2025/01/05: 軽微な修正を行いました。

公共データを用いたシングルセルダイナミクス解析 Trajectory解析、RNA Velocity解析、空間トランスクリプトーム解析のやり方

まえがき

構成（目次）

動作確認済み環境

📘 第1章：解析環境について

📰 シングルセルダイナミクス解析を行うためのPCスペック

📰 RとRstudioのインストール

📰 Python環境：Google Colabについて

📘 第2章：Trajectory解析

📰 Trajectory解析の概要

📰 Monocle3の概要

📰 Monocle3のインストールができない問題

📰 rigとrenvについて

📰 rigとrenvを使ったTrajectory解析環境構築

📰 Trajectory解析環境にMonocle3をインストールする

📰 【補足】パッケージ情報の更新と作業ディレクトリの変更方法

📰 Monocle3の基本的な使い方

📰 Monocle3を使ったTrajectory解析の実装方法

📰 10x Genomics Cell Rangerの出力ファイルでTrajectory解析の実装方法

📘 第3章：RNA Velocity解析

📰 RNA Velocity解析の概要

📰 velocytoについて

📰 BAMファイルからのVelocity解析のワークフロー

📰 velocytoに必要なファイル準備

📰 velocytoを用いたloomファイルの作成方法

📰 scVeloの概要

📰 scVeloを用いたRNA Velocity解析の実装方法

📘 第4章：空間トランスクリプトーム解析

📰 空間トランスクリプトーム解析の概要

📰 Scanpyの概要

📰 Scanpyを用いた空間トランスクリプトーム解析の実装方法