【中級者向け】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜

【中級者向け】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜

📰 概要 in silico創薬の技術を網羅的に知りたい方、さらにそれらを用いてPCだけで論文を書きたい方へ。 本書は、wetラボでの創薬研究の経験を持つバイオインフォマティシャンである著者が、実際の論文を基に、in silico創薬の手法について解説した技術書です。一番厄介な環境構築から具体的な使用方法、エラーの対処法までを丁寧に説明しております。 本技術書で紹介されている手法はここ10年で数多くの論文で紹介される最新の手法であり、本手法を用いて、論文化も可能です。 本書を通して、in silico創薬を学び、論文化までしてみませんか? 👫 対象とする読者 ・in silico創薬で論文を執筆したい方 ・in silico創薬の各手法を研究に活かしたい方 ・PCだけで論文を書きたい方 ・in silico創薬の手法を網羅的に使えるようになりたい方 本技術書は随時アップデートされていきます。 一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。 📰アップデート情報 2025/01/09: リリースしました!

Chapters
Chapter 01無料公開

まえがき

Chapter 02無料公開

構成(目次)

Chapter 03無料公開

📘 第0章:インシリコ創薬の流れと同様の流れで作成されている論文たち

Chapter 04無料公開

📰 本書のIn silico創薬論文の流れと概要

Chapter 05無料公開

📰 同様の流れで作成されている論文たち

Chapter 06無料公開

📘 第1章:ターゲット準備、minimization

Chapter 07無料公開

📰 ターゲットの選定

Chapter 08無料公開

📰 タンパク質の準備

Chapter 09無料公開

📰 タンパク質の安定性評価

Chapter 10無料公開

📘 第2章:化合物ライブラリの構築

Chapter 11

📰 CMNPDからの抽出

Chapter 12

📰 FAFDrug4 serverによるフィルタリング

Chapter 13無料公開

📘 第3章:In silico screening

Chapter 14

📰 PyRxによる化合物ライブライブラリのエネルギー最小化

Chapter 15

📰 In silicoスクリーニング

Chapter 16

📰 結果

Chapter 17無料公開

📘 第4章:MD simulationのための環境構築

Chapter 18無料公開

📰 WindowsへのLinuxの導入

Chapter 19無料公開

📰 GROMACSのインストール

Chapter 20

📰 MacでのGROMACSのインストール(検証中)

Chapter 21無料公開

📘 第5章:リガンド-タンパク質 MDsimulation(分子動力学シミュレーション)

Chapter 22

📰 リガンドの準備

Chapter 23

📰 タンパク質の準備

Chapter 24

📰 リガンドータンパク質の準備

Chapter 25

📰 水とイオン追加

Chapter 26

📰 エネルギー最小化

Chapter 27

📰 リガンドータンパク質の設定

Chapter 28

📰 NVT(定温)とNPT(定圧定温)の平衡化

Chapter 29

📰 MDシミュレーション

Chapter 30

📰 後処理

Chapter 31

📰 可視化

Chapter 32無料公開

📘 第6章:RMSD, RMSF, RoG, hydrogen bond, RDF解析

Chapter 33

📰 Indexファイルの作成

Chapter 34

📰 RMSD解析

Chapter 35

📰 RMSF解析

Chapter 36

📰 RoG解析

Chapter 37

📰 水素結合数測定

Chapter 38

📰 RDF 解析

Chapter 39無料公開

📘 第7章:MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析

Chapter 40

📰 gmx_MMPBSAの環境構築

Chapter 41

📰 MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析の実行

Chapter 42

📰 MM-GBSA/PBSA解析結果

Chapter 43

📰 decomposition解析結果

Chapter 44

📰 アラニンスキャン解析結果

Chapter 45無料公開

📘 第8章:Water swapping

Chapter 46無料公開

📰 Waterswapping解析とは

Chapter 47

📰 OpenBioSimの環境構築

Chapter 48

📰 GROMACSファイルをAMBERファイルに変換

Chapter 49

📰 Waterswapping解析実行

Chapter 50

📰 結果

Chapter 51無料公開

📘 第9章:物性評価

Chapter 52無料公開

📰 物性評価とは

Chapter 53

📰 Swiss ADMEによる物性評価

Chapter 54

📰 Deep-PKによる物性評価

Chapter 55無料公開

あとがき

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LabCode(ラボコード)
Topics
公開
NEW
文章量
160,745
価格
2,500
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