【完全版】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜

【完全版】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜

📰 概要 in silico創薬の技術を網羅的に知りたい方、さらにそれらを用いてPCだけで論文を書きたい方へ。 本書は、wetラボでの創薬研究の経験を持つバイオインフォマティシャンである著者が、実際の論文を基に、in silico創薬の手法について解説した技術書です。一番厄介な環境構築から具体的な使用方法、エラーの対処法までを丁寧に説明しております。 本技術書で紹介されている手法はここ10年で数多くの論文で紹介される最新の手法であり、本手法を用いて、論文化も可能です。 本書を通して、in silico創薬を学び、論文化までしてみませんか? 👫 対象とする読者 ・in silico創薬で論文を執筆したい方 ・in silico創薬の各手法を研究に活かしたい方 ・PCだけで論文を書きたい方 ・in silico創薬の手法を網羅的に使えるようになりたい方 本技術書は随時アップデートされていきます。 一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。 📰アップデート情報 2025/01/09: リリースしました! 2025/02/27: 微修正 2025/03/30: Homology Modelingの章を追加 2025/04/06: 化合物ライブラリの章を追加 2025/04/13: RDkitを用いた化合物フィルタリングの章を追加 2025/04/20: sminaを用いたin silico screeningの章を追加、GROMACSのMac版の環境構築方法を追加 2025/05/02: タンパク質-リガンド相互作用の可視化の章を追加 2025/05/07: お客様の声追加 2025/05/31: 全体の修正 2025/06/08: MDの章を修正、タンパク質の安定化の章追加 2025/08/20: OpenMMを使ったエネルギー最小化、Pymolを使ったGtid box作成追加、全体の微修正 📣お知らせ 2025/08/26-: ケモインフォマティクス若手の会で、in silico創薬のレクチャーを行いました。

Chapters
Chapter 01無料公開

まえがき

Chapter 02無料公開

構成(目次)

Chapter 03無料公開

📘 第0章:インシリコ創薬の流れと同様の流れで作成されている論文たち

Chapter 04無料公開

📰 本書のIn silico創薬論文の流れと概要

Chapter 05無料公開

📰 同様の流れで作成されている論文たち

Chapter 06無料公開

📰 本書を行う上でのおすすめのPC 環境

Chapter 07無料公開

📘 第1章:ターゲット準備、minimization

Chapter 08無料公開

📰 ターゲットの選定

Chapter 09無料公開

📰 タンパク質の準備

Chapter 10無料公開

📰 タンパク質の安定性評価

Chapter 11無料公開

📘 第2章:化合物ライブラリの構築

Chapter 12無料公開

📰 CMNPDからの抽出

Chapter 13無料公開

📰 FAFDrug4 serverによるフィルタリング

Chapter 14無料公開

📘 第3章:In silico screening

Chapter 15

📰 PyRxによる化合物ライブライブラリのエネルギー最小化

Chapter 16

📰 In silicoスクリーニング

Chapter 17

📰 結果

Chapter 18無料公開

📘 第4章:MD simulationのための環境構築

Chapter 19無料公開

📰 WindowsへのLinuxの導入

Chapter 20無料公開

📰 GROMACSのインストール

Chapter 21無料公開

📰 MacでのGROMACSのインストール

Chapter 22無料公開

📘 第5章:リガンド-タンパク質 MDsimulation(分子動力学シミュレーション)

Chapter 23

📰 リガンドの準備

Chapter 24

📰 タンパク質の準備

Chapter 25

📰 リガンドータンパク質の準備

Chapter 26

📰 水とイオン追加

Chapter 27

📰 エネルギー最小化

Chapter 28

📰 リガンドータンパク質の設定

Chapter 29

📰 NVT(定温)とNPT(定圧定温)の平衡化

Chapter 30

📰 MDシミュレーション

Chapter 31

📰 後処理

Chapter 32

📰 可視化

Chapter 33無料公開

📘 第6章:RMSD, RMSF, RoG, hydrogen bond, RDF解析

Chapter 34

📰 Indexファイルの作成

Chapter 35

📰 RMSD解析

Chapter 36

📰 RMSF解析

Chapter 37

📰 RoG解析

Chapter 38

📰 水素結合数測定

Chapter 39

📰 RDF 解析

Chapter 40無料公開

📘 第7章:MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析

Chapter 41

📰 gmx_MMPBSAの環境構築

Chapter 42

📰 MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析の実行

Chapter 43

📰 MM-GBSA/PBSA解析結果

Chapter 44

📰 decomposition解析結果

Chapter 45

📰 アラニンスキャン解析結果

Chapter 46無料公開

📘 第8章:Water swapping

Chapter 47無料公開

📰 Waterswapping解析とは

Chapter 48

📰 OpenBioSimの環境構築

Chapter 49

📰 GROMACSファイルをAMBERファイルに変換

Chapter 50

📰 Waterswapping解析実行

Chapter 51

📰 結果

Chapter 52無料公開

📘 第9章:物性評価

Chapter 53無料公開

📰 物性評価とは

Chapter 54

📰 Swiss ADMEによる物性評価

Chapter 55

📰 Deep-PKによる物性評価

Chapter 56無料公開

📘 第10章:Homology modelingによる構造予測

Chapter 57無料公開

📰 Homology ModelingとSWISS-MODELとは

Chapter 58

📰 SWISS-MODELを使ったHomology modeling

Chapter 59

📰 Homology modelingの結果

Chapter 60無料公開

📘 第11章:化合物ライブラリまとめ

Chapter 61無料公開

📰 本記事で紹介する化合物データベースの比較

Chapter 62

📰 ZINC15

Chapter 63

📰 PubChem

Chapter 64

📰 ChEMBL

Chapter 65

📰 COCONUT(COlleCtion of Open Natural prodUcTs)

Chapter 66無料公開

📰 マイナーだが、よく論文で使用されているDB

Chapter 67無料公開

📰 他ライブラリの検索

Chapter 68無料公開

📘 第12章:RDkitを使った化合物のフィルタリング

Chapter 69無料公開

📰 環境構築

Chapter 70

📰 RDkitを用いた化合物のフィルタリング

Chapter 71

📰 出力結果

Chapter 72無料公開

📘 第13章:Sminaを使ったin silicoスクリーニング

Chapter 73無料公開

📰 Sminaの説明とタンパク質準備

Chapter 74

📰 化合物ライブラリのイオン原子の除去

Chapter 75

📰 化合物ライブラリの水素、電荷付加、3D構造化、エネルギー最小化

Chapter 76

📰 Grid boxの設定

Chapter 77無料公開

📰 Sminaの環境構築

Chapter 78

📰 configファイルの設定

Chapter 79

📰 Sminaによるin silico screening

Chapter 80

📰 結果

Chapter 81無料公開

📘 第14章:タンパク質-リガンドの相互作用可視化

Chapter 82無料公開

📰 PLIPとは

Chapter 83無料公開

📰 PLIPの環境構築

Chapter 84

📰 Cathepsin Kと阻害剤の相互作用解析

Chapter 85

📰 スクリーニングした後の化合物保存の際の注意点

Chapter 86無料公開

📰 PoseViewとは

Chapter 87

📰 PoseViewを使ったタンパク質ーリガンドの相互作用解析

Chapter 88無料公開

📘第15章 MD simulationを用いたタンパク質の安定化

Chapter 89無料公開

📰 タンパク質準備

Chapter 90

📰 PDBからGROMACSトポロジーへの変換

Chapter 91

📰 ボックス作成と溶媒の追加

Chapter 92

📰 イオンの追加(中性化)

Chapter 93

📰 エネルギー最小化

Chapter 94

📰 平衡化(NVT & NPT)

Chapter 95

📰 MDシミュレーション

Chapter 96

📰 可視化

Chapter 97

📰 RMSD解析

Chapter 98

📰 安定な構造の抽出

Chapter 99無料公開

あとがき

Chapter 100無料公開

In silico創薬レクチャー、コンサルティング受講者の声

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LabCode(ラボコード)
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公開
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文章量
252,949
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