📰 概要
in silico創薬の技術を網羅的に知りたい方、さらにそれらを用いてPCだけで論文を書きたい方へ。

本書は、wetラボでの創薬研究の経験を持つバイオインフォマティシャンである著者が、実際の論文を基に、in silico創薬の手法について解説した技術書です。一番厄介な環境構築から具体的な使用方法、エラーの対処法までを丁寧に説明しております。

本技術書で紹介されている手法はここ10年で数多くの論文で紹介される最新の手法であり、本手法を用いて、論文化も可能です。

本書を通して、in silico創薬を学び、論文化までしてみませんか？

👫 対象とする読者
・in silico創薬で論文を執筆したい方
・in silico創薬の各手法を研究に活かしたい方
・PCだけで論文を書きたい方
・in silico創薬の手法を網羅的に使えるようになりたい方

本技術書は随時アップデートされていきます。
一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。

📰アップデート情報
2025/01/09: リリースしました！
2025/02/27: 微修正

【中級者向け】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜

まえがき

構成（目次）

📘 第0章：インシリコ創薬の流れと同様の流れで作成されている論文たち

📰 本書のIn silico創薬論文の流れと概要

📰 同様の流れで作成されている論文たち

📘 第1章：ターゲット準備、minimization

📰 ターゲットの選定

📰 タンパク質の準備

📰 タンパク質の安定性評価

📘 第2章：化合物ライブラリの構築

📰 CMNPDからの抽出

📰 FAFDrug4 serverによるフィルタリング

📘 第3章：In silico screening

📰 PyRxによる化合物ライブライブラリのエネルギー最小化

📰 In silicoスクリーニング

📰 結果

📘 第4章：MD simulationのための環境構築

📰 WindowsへのLinuxの導入

📰 GROMACSのインストール

📰 MacでのGROMACSのインストール（検証中)

📘 第5章：リガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）

📰 リガンドの準備

📰 リガンドータンパク質の準備

📰 水とイオン追加

📰 エネルギー最小化

📰 リガンドータンパク質の設定

📰 NVT（定温）とNPT（定圧定温）の平衡化

📰 MDシミュレーション

📰 後処理

📰 可視化

📘 第6章：RMSD, RMSF, RoG, hydrogen bond, RDF解析

📰 Indexファイルの作成

📰 RMSD解析

📰 RMSF解析

📰 RoG解析

📰 水素結合数測定

📰 RDF 解析

📘 第7章：MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析

📰 gmx_MMPBSAの環境構築

📰 MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析の実行

📰 MM-GBSA/PBSA解析結果

📰 decomposition解析結果

📰 アラニンスキャン解析結果

📘 第8章：Water swapping

📰 Waterswapping解析とは

📰 OpenBioSimの環境構築

📰 GROMACSファイルをAMBERファイルに変換

📰 Waterswapping解析実行

📘 第9章：物性評価

📰 物性評価とは

📰 Swiss ADMEによる物性評価

📰 Deep-PKによる物性評価

あとがき

バイオインフォマティクス

labcode

insilico創薬

インシリコ創薬

おうち創薬

LabCode（ラボコード）