【完全版】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜
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【完全版】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜
【完全版】In silico創薬実践書 〜おうち創薬で論文を書こう〜
01まえがき02構成(目次)03📘 第0章:インシリコ創薬の流れと同様の流れで作成されている論文たち04📰 本書のIn silico創薬論文の流れと概要05📰 同様の流れで作成されている論文たち06📰 本書を行う上でのおすすめのPC 環境07📘 第1章:ターゲット準備、minimization08📰 ターゲットの選定09📰 タンパク質の準備10📰 タンパク質の安定性評価11📘 第2章:化合物ライブラリの構築12📰 CMNPDからの抽出13📰 FAFDrug4 serverによるフィルタリング14📘 第3章:In silico screening15📰 PyRxによる化合物ライブライブラリのエネルギー最小化16📰 In silicoスクリーニング17📰 結果18📘 第4章:MD simulationのための環境構築19📰 WindowsへのLinuxの導入20📰 GROMACSのインストール21📰 MacでのGROMACSのインストール22📘 第5章:リガンド-タンパク質 MDsimulation(分子動力学シミュレーション)23📰 リガンドの準備24📰 タンパク質の準備25📰 リガンドータンパク質の準備26📰 水とイオン追加27📰 エネルギー最小化28📰 リガンドータンパク質の設定29📰 NVT(定温)とNPT(定圧定温)の平衡化30📰 MDシミュレーション31📰 後処理32📰 可視化33📘 第6章:RMSD, RMSF, RoG, hydrogen bond, RDF解析34📰 Indexファイルの作成35📰 RMSD解析36📰 RMSF解析37📰 RoG解析38📰 水素結合数測定39📰 RDF 解析40📘 第7章:MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析41📰 gmx_MMPBSAの環境構築42📰 MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析の実行43📰 MM-GBSA/PBSA解析結果44📰 decomposition解析結果45📰 アラニンスキャン解析結果46📘 第8章:Water swapping47📰 Waterswapping解析とは48📰 OpenBioSimの環境構築49📰 GROMACSファイルをAMBERファイルに変換50📰 Waterswapping解析実行51📰 結果52📘 第9章:物性評価53📰 物性評価とは54📰 Swiss ADMEによる物性評価55📰 Deep-PKによる物性評価56📘 第10章:Homology modelingによる構造予測57📰 Homology ModelingとSWISS-MODELとは58📰 SWISS-MODELを使ったHomology modeling59📰 Homology modelingの結果60📘 第11章:化合物ライブラリまとめ61📰 本記事で紹介する化合物データベースの比較62📰 ZINC1563📰 PubChem64📰 ChEMBL65📰 COCONUT(COlleCtion of Open Natural prodUcTs)66📰 マイナーだが、よく論文で使用されているDB67📰 他ライブラリの検索68📘 第12章:RDkitを使った化合物のフィルタリング69📰 環境構築70📰 RDkitを用いた化合物のフィルタリング71📰 出力結果72📘 第13章:Sminaを使ったin silicoスクリーニング73📰 Sminaの説明とタンパク質準備74📰 化合物ライブラリのイオン原子の除去75📰 化合物ライブラリの水素、電荷付加、3D構造化、エネルギー最小化76📰 Grid boxの設定77📰 Sminaの環境構築78📰 configファイルの設定79📰 Sminaによるin silico screening80📰 結果81📘 第14章:タンパク質-リガンドの相互作用可視化82📰 PLIPとは83📰 PLIPの環境構築84📰 Cathepsin Kと阻害剤の相互作用解析85📰 スクリーニングした後の化合物保存の際の注意点86📰 PoseViewとは87📰 PoseViewを使ったタンパク質ーリガンドの相互作用解析88📘第15章 MD simulationを用いたタンパク質の安定化89📰 タンパク質準備90📰 PDBからGROMACSトポロジーへの変換91📰 ボックス作成と溶媒の追加92📰 イオンの追加(中性化)93📰 エネルギー最小化94📰 平衡化(NVT & NPT)95📰 MDシミュレーション96📰 可視化97📰 RMSD解析98📰 安定な構造の抽出99あとがき100In silico創薬レクチャー、コンサルティング受講者の声
Chapter 71

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2025.04.13に更新