【完全版】In silico創薬実践書〜おうち創薬で論文を書こう〜

【完全版】In silico創薬実践書〜おうち創薬で論文を書こう〜

01まえがき 02構成（目次）03📘 第0章：インシリコ創薬の流れと同様の流れで作成されている論文たち 04📰 本書のIn silico創薬論文の流れと概要 05📰 同様の流れで作成されている論文たち 06📰 本書を行う上でのおすすめのPC 環境 07📘 第1章：ターゲット準備、minimization 08📰 ターゲットの選定 09📰 タンパク質の準備 10📰 タンパク質の安定性評価 11📘 第2章：化合物ライブラリの構築 12📰 CMNPDからの抽出 13📰 FAFDrug4 serverによるフィルタリング 14📘 第3章：In silico screening 15📰 PyRxによる化合物ライブライブラリのエネルギー最小化 16📰 In silicoスクリーニング 17📰 結果 18📘 第4章：MD simulationのための環境構築 19📰 WindowsへのLinuxの導入 20📰 GROMACSのインストール 21📰 MacでのGROMACSのインストール 22📘 第5章：リガンド-タンパク質 MDsimulation（分子動力学シミュレーション）23📰 リガンドの準備 24📰 タンパク質の準備 25📰 リガンドータンパク質の準備 26📰 水とイオン追加 27📰 エネルギー最小化 28📰 リガンドータンパク質の設定 29📰 NVT（定温）とNPT（定圧定温）の平衡化 30📰 MDシミュレーション 31📰 後処理 32📰 可視化 33📘 第6章：RMSD, RMSF, RoG, hydrogen bond, RDF解析 34📰 Indexファイルの作成 35📰 RMSD解析 36📰 RMSF解析 37📰 RoG解析 38📰 水素結合数測定 39📰 RDF 解析 40📘 第7章：MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析 41📰 gmx_MMPBSAの環境構築 42📰 MM-GBSA/PBSA、decomposition、アラニンスキャン解析の実行 43📰 MM-GBSA/PBSA解析結果 44📰 decomposition解析結果 45📰 アラニンスキャン解析結果 46📘 第8章：Water swapping 47📰 Waterswapping解析とは 48📰 OpenBioSimの環境構築 49📰 GROMACSファイルをAMBERファイルに変換 50📰 Waterswapping解析実行 51📰 結果 52📘 第9章：物性評価 53📰 物性評価とは 54📰 Swiss ADMEによる物性評価 55📰 Deep-PKによる物性評価 56📘 第10章：Homology modelingによる構造予測 57📰 Homology ModelingとSWISS-MODELとは 58📰 SWISS-MODELを使ったHomology modeling 59📰 Homology modelingの結果 60📘 第11章：化合物ライブラリまとめ 61📰 本記事で紹介する化合物データベースの比較 62📰 ZINC15 63📰 PubChem 64📰 ChEMBL 65📰 COCONUT（COlleCtion of Open Natural prodUcTs）66📰 マイナーだが、よく論文で使用されているDB 67📰 他ライブラリの検索 68📘 第12章：RDkitを使った化合物のフィルタリング 69📰 環境構築 70📰 RDkitを用いた化合物のフィルタリング 71📰 出力結果 72📘 第13章：Sminaを使ったin silicoスクリーニング 73📰 Sminaの説明とタンパク質準備 74📰 化合物ライブラリのイオン原子の除去 75📰 化合物ライブラリの水素、電荷付加、3D構造化、エネルギー最小化 76📰 Grid boxの設定 77📰 Sminaの環境構築 78📰 configファイルの設定 79📰 Sminaによるin silico screening 80📰 結果 81📘 第14章：タンパク質-リガンドの相互作用可視化 82📰 PLIPとは 83📰 PLIPの環境構築 84📰 Cathepsin Kと阻害剤の相互作用解析 85📰 スクリーニングした後の化合物保存の際の注意点 86📰 PoseViewとは 87📰 PoseViewを使ったタンパク質ーリガンドの相互作用解析 88📘第15章 MD simulationを用いたタンパク質の安定化 89📰 タンパク質準備 90📰 PDBからGROMACSトポロジーへの変換 91📰 ボックス作成と溶媒の追加 92📰 イオンの追加（中性化）93📰 エネルギー最小化 94📰 平衡化（NVT & NPT)95📰 MDシミュレーション 96📰 可視化 97📰 RMSD解析 98📰 安定な構造の抽出 99あとがき 100In silico創薬レクチャー、コンサルティング受講者の声

Chapter 76

📰 Grid boxの設定

LabCode（ラボコード）

2025.04.20に更新