R言語で開発されたシングルセル解析ツール Seuratの使い方

Seuratとは

Seurat は、R言語で開発されたシングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）データ解析のためのオープンソースソフトウェアです。

scRNA-toolsに載っているツールの中で、Seuratは２番目にCitationが多いです。１位はStarなのですが、Starは一般のRNA-seqのツールなのでSeuratはシングルセル解析で最もポピュラーなツールと言っていいと思います。

インストール

Rでのインストール

install.packages('Seurat')
library(Seurat)

Condaでのインストール

conda install -c conda-forge r-hdf5r -y
conda install -c bioconda r-seurat -y

データのロード

10x Genomicsのcellrangerのアウトプットファイルのアップロードは以下です。