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研究を始めた話１

に公開
TypeScript
菌類
hypomyces
idea

宿主特異性を知るためのデータ集めとまとめ

前提

いわゆる「きのこ」と呼ばれる菌類（ここから先は「きのこ」とは言わず菌類といいます）に寄生する菌類の一つとしてHypomycesというものがあります。私は現在、論文を読みその論文に基づく表を作ったりと、Hypomycesと寄生される側である宿主（「しゅくしゅ」と読みます）の関係性について研究といっては大げさかもしれませんが模索しつつ調べているところです。

目的

Hypomyces sp.(sp.は種を表します。Hypomycesにも色んな種があることがわかります)　が何の菌類（種・属）に対応関係があるのかを知るために、論文から持ってきた「Hypomyces　↔　宿主」「場所」をもとにjson形式にまとめます。Googleスプレッドシートからjson形式にしました。

手法・計画

Hypomycesに関して複数種存在することは知っていましたが、今までは論文を読んで終わりだったのでもったいなく感じ、一度集めて研究材料としたかった。という背景があります。

結果

最終的にはTypeScriptで「スプレッドシート　⇢　json形式」はできました。本来の予定だと、GoogleスプレッドシートのApps scriptでjson形式にする予定でした。

  1. スプレッドシートの１行目（ヘッダー）に文字を含ませてしまったが、それを考慮しないJavascriptコードだった
  2. 純粋に、jsonにするにはApps scriptだと元のデータが長すぎて無理だったっぽい？

考察

PCでスプレッドシートを論文を引用しながら埋めていたところ、複数のHypomycesから寄生を受ける宿主がありそうだと感じました。

具体的なpdf

  1. 宿主とHypomycesの対応関係のPDF化
  2. Hypomyces sp.からみた宿主の種類のPDF化

今後やっていくこと

  1. 系統樹づくり

宿主である菌類と、寄生菌であるHypomycesの系統樹を作り...

  1. 起源の推定
  2. 複数起源 vs. 単一起源
  3. 形態変化のトリガー
  4. 生態的ニッチの拡大
    これらのことを少しでも知れたらなと考えています。

現在の進捗

https://github.com/1m4nim/study-hypomyces

読んでいただきありがとうございました。
今後も研究に励み、時期になったら本物のHypomycesを見つけに公園に行こうと思っています。

何卒よろしくお願いいたします。

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