Open1
plumed付CP2KをリンクしたGROMACSのインストール
Yomiyama下記記事を参考にplumed付xcp2kをGROMACSと一緒にインストールした。
注意
動作確認はしていないので、使用する際は自己責任でお願いいたします。
環境
インストールしたソフトウェアは以下の通り。
plumed-2.9.3
cp2k-2023.2
GROMACS2024.3
なお上記のソフトウェアのコンパイルの前に、
gcc-13.2
cmake-3.31.6
cuda-12.8
openmpi-5.0.8
をあらかじめ導入しておき、enviroment moduleで読み込んでおく。
CP2Kのインストール
cp2ktoolchainの導入
インストール先のNVIDIA RTX 6000 Adaに適したGPU指定オプションが見当たらなかったので適当にA100と指定しておく。
./install_cp2k_toolchain.sh --with-gcc=system --with-libxsmm=install --with-openmpi=system --with-cmake=system --with-plumed=install --target-cpu=generic --enable-cuda --gpu-ver=A100
plumedの導入
cp2ktoolchainの導入が終わったら、
CP2K_TOOLCHAIN=cp2ktoolchainの導入場所
./configure --prefix=$insta CXX=mpicxx CC=mpicc BLAS_LIBS="-L$CP2K_TOOLCHAIN/install/openblas-0.3.23/ -lopenblas" LAPACK_LIBS="-L$CP2K_TOOLCHAIN/install/openblas-0.3.23/ -lopenblas"
make -j16
make -j16 install
を実行する。
cp2kの導入
plumedの導入が終わったのち、下記のページを参考にlocal.psmp local.ssmpに以下の内容を書き加える。
include /path/to/your/plumed2.0/installation/lib/plumed/src/lib/Plumed.inc
EXTERNAL_OBJECTS=$(PLUMED_STATIC_DEPENDENCIES)
そして、
make -j 28 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"
make -j 28 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k
GROMACSの導入
インストールの方法は以下のページを参考にして行った。
GROMACS公式
東京科学大学難治疾患研究所の森脇先生のQiita
自然科学研究機構 岡崎共通研究施設 計算科学研究センターのアプリライブラリ構築方法
GROMACS導入の前に
plumed-patch -p
をGROMACSソースファイル解凍後のフォルダで行う。
その後、
CP2KROOT=cp2kの導入場所
CP2KROOT_TC=cp2ktoolchainの導入場所
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTA} -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON -DCMAKE_C_COMPILER=gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ -DGMX_MPI=ON -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_THREAD_MPI=OFF -DGMX_CP2K=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMXAPI=OFF -DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF -DCP2K_DIR=${CP2KROOT}/lib/local/psmp -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_PREFIX_PATH=${CP2KROOT_TC}/install/fftw-3.3.10 -DGMX_EXTERNAL_BLAS=ON -DGMX_BLAS_USER=${CP2KROOT_TC}/install/openblas-0.3.23/lib/libopenblas.so -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=ON -DGMX_LAPACK_USER=${CP2KROOT_TC}/install/openblas-0.3.23/lib/libopenblas.so
を行う。
cmake終了後、このままmakeするとエラーが発生する。
そのため、buildフォルダの中に/src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/link.txtを編集する必要がある。
テキストエディタで
vim ./src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/link.txt
で開き
このファイルのの最終行に
-L${cp2ktoolchain中のgslフォルダ}/lib -lgsl -lgslcblas
を加える。
その後
make -j12 install
を行うと、導入が出来る。