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【Ｒ】Seurat v4のインストール

2024/02/01に公開
R
#
seurat
#
scrnaseq
tech

環境

Windows10
R 4.3.1
Rstudio

はじめに

新しく買ったパソコンにSeurat v4をインストールしようとしたらエラーが出たので記録。

Seurat v4のインストール

Seuratは現在v5がリリースされているが、v4をインストールしようとしてSajitalabのホームページを確認しながらインストールしようとした。
https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5

remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))

failed to install 'unknown package' from url:

インストールできない。
インストールのPathを確認してみたり、いろいろしてみたけど結果としては
まっさらな状態のRにインストールしようとしたからコンパイルに必要なパッケージが入ってなかったことが原因でした。

install.packages("curl")

これで先ほどと同じコードを入れればインストールできた。

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