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【PDBQT】 ファイルの仕様の推定
AutoDock VinaのPDBQTファイルの仕様を推測した。
基本的にはPDB形式と共通点が多い固定長フォーマットだが、ROOT, ENDROOT, BRANCH, ENDBRANCHがある。
ROOT
ATOM 1 O UNL 1 4.414 0.415 -0.944 1.00 0.00 -0.373 OA
ENDROOT
BRANCH 1 2
ATOM 2 C UNL 1 3.018 0.104 -0.957 1.00 0.00 0.151 C
ATOM 3 C UNL 1 0.788 0.678 -0.006 1.00 0.00 0.013 C
ATOM 4 C UNL 1 0.645 -0.767 0.494 1.00 0.00 0.021 C
ATOM 5 C UNL 1 2.288 1.011 0.037 1.00 0.00 0.023 C
ATOM 6 C UNL 1 0.009 1.634 0.882 1.00 0.00 0.006 C
ATOM 7 C UNL 1 1.337 -1.704 -0.494 1.00 0.00 0.044 C
ATOM 8 C UNL 1 -0.833 -1.100 0.551 1.00 0.00 -0.062 C
ATOM 9 C UNL 1 1.259 -0.892 1.882 1.00 0.00 0.172 C
ATOM 10 C UNL 1 2.814 0.777 1.451 1.00 0.00 0.170 C
ATOM 11 C UNL 1 2.516 2.474 -0.362 1.00 0.00 0.017 C
ATOM 12 C UNL 1 -1.456 1.223 1.046 1.00 0.00 0.009 C
ATOM 13 C UNL 1 2.824 -1.369 -0.603 1.00 0.00 0.140 C
ATOM 14 C UNL 1 -1.783 0.007 0.186 1.00 0.00 0.022 C
ATOM 15 C UNL 1 -1.209 -2.297 0.881 1.00 0.00 -0.026 C
ATOM 16 O UNL 1 2.645 -0.575 1.854 1.00 0.00 -0.380 OA
ATOM 17 C UNL 1 -3.244 -0.395 0.281 1.00 0.00 -0.020 C
ATOM 18 C UNL 1 -2.652 -2.721 0.913 1.00 0.00 0.035 C
ATOM 19 C UNL 1 -3.438 -1.863 -0.096 1.00 0.00 -0.015 C
ATOM 20 C UNL 1 -4.082 0.485 -0.651 1.00 0.00 0.008 C
ATOM 21 C UNL 1 -3.736 -0.177 1.716 1.00 0.00 0.012 C
ATOM 22 C UNL 1 -4.910 -2.253 -0.036 1.00 0.00 0.048 C
ATOM 23 C UNL 1 -2.854 -2.144 -1.486 1.00 0.00 0.013 C
ATOM 24 C UNL 1 -5.561 0.155 -0.495 1.00 0.00 0.008 C
ATOM 25 C UNL 1 -5.846 -1.315 -0.788 1.00 0.00 -0.021 C
ATOM 26 C UNL 1 -5.828 -1.575 -2.294 1.00 0.00 0.012 C
BRANCH 13 27
ATOM 27 N UNL 1 3.413 -2.187 -1.666 1.00 0.00 -0.240 N
ATOM 28 N UNL 1 3.086 -2.156 -3.032 1.00 0.00 -0.159 NA
ATOM 29 C UNL 1 4.375 -3.127 -1.528 1.00 0.00 0.158 A
ATOM 30 C UNL 1 3.846 -3.040 -3.626 1.00 0.00 0.246 A
ATOM 31 N UNL 1 4.622 -3.629 -2.721 1.00 0.00 -0.215 NA
BRANCH 29 32
ATOM 32 C UNL 1 5.034 -3.521 -0.263 1.00 0.00 0.022 A
ATOM 33 C UNL 1 6.370 -3.936 -0.247 1.00 0.00 0.032 A
ATOM 34 C UNL 1 4.337 -3.494 0.950 1.00 0.00 0.032 A
ATOM 35 C UNL 1 6.947 -4.290 0.955 1.00 0.00 0.111 A
ATOM 36 C UNL 1 4.990 -3.870 2.105 1.00 0.00 0.111 A
ATOM 37 N UNL 1 6.253 -4.250 2.077 1.00 0.00 -0.265 NA
ENDBRANCH 29 32
ENDBRANCH 13 27
BRANCH 22 38
ATOM 38 C UNL 1 -5.075 -3.644 -0.619 1.00 0.00 0.046 C
ATOM 39 O UNL 1 -4.948 -3.820 -1.808 1.00 0.00 -0.550 OA
ATOM 40 O UNL 1 -5.362 -4.679 0.186 1.00 0.00 -0.550 OA
ENDBRANCH 22 38
BRANCH 25 41
ATOM 41 C UNL 1 -7.283 -1.610 -0.294 1.00 0.00 -0.005 C
ATOM 42 C UNL 1 -7.684 -3.028 -0.708 1.00 0.00 0.008 C
BRANCH 41 43
ATOM 43 C UNL 1 -8.253 -0.604 -0.917 1.00 0.00 -0.014 C
ATOM 44 C UNL 1 -9.664 -1.195 -0.927 1.00 0.00 0.007 C
ATOM 45 C UNL 1 -8.246 0.686 -0.095 1.00 0.00 0.007 C
ENDBRANCH 41 43
ENDBRANCH 25 41
ENDBRANCH 1 2
BRANCH 1 46
ATOM 46 C UNL 1 4.903 0.175 -2.265 1.00 0.00 0.183 C
BRANCH 46 47
ATOM 47 C UNL 1 6.399 0.490 -2.320 1.00 0.00 0.041 C
ATOM 48 C UNL 1 7.160 -0.489 -1.422 1.00 0.00 0.031 C
BRANCH 47 49
ATOM 49 N UNL 1 6.628 1.863 -1.851 1.00 0.00 -0.323 NA
ATOM 50 H UNL 1 7.606 2.061 -2.001 1.00 0.00 0.119 HD
ATOM 51 H UNL 1 6.111 2.470 -2.468 1.00 0.00 0.119 HD
ENDBRANCH 47 49
BRANCH 47 52
ATOM 52 C UNL 1 6.897 0.353 -3.760 1.00 0.00 -0.018 C
ATOM 53 C UNL 1 6.136 1.331 -4.657 1.00 0.00 0.013 C
ATOM 54 C UNL 1 8.393 0.668 -3.815 1.00 0.00 0.013 C
ATOM 55 C UNL 1 6.659 -1.077 -4.248 1.00 0.00 0.013 C
ENDBRANCH 47 52
ENDBRANCH 46 47
ENDBRANCH 1 46
TORSDOF 10
BRAHCHとENDBRACHは回転可能結合を意味している。この行に含まれる整数は原子の番号を意味している。よって、
BRACH 1 2
の場合は一番目と二番目の原子からなる結合が回転可能結合となる。
BRACHがあった場合、対応するENDBRACHが存在する。下記のようになる。
ENDBRAHCH 1 2
この場合、対応するENDBRACHまでに含まれるすべてのATOMが、この回転可能結合を回転させた場合に同時に回転する原子ということになるようだ。下の図だと回転可能結合が黄色で囲まれた部分、赤色部分が回転の影響をうけるだろう。多分。画像はIbrexafungerpの三次元構造。
ROOT, ENDROOTは継続調査中
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