Zenn
Open8

スパコンでNixしたい

nix
hpc
ultimatileultimatile

はじめに

背景として共同利用スパコンにおける制約を簡単に説明します．

  • root権限がない
    基本的にuser権限でやる必要があります．したがってsudo aptとかはできませんのでsudoが前提のpackage managerは使えません．linuxbrewはワンチャンありそうですが，あんまり上手く行ってないです．
  • 利用できる計算資源やinternet環境に強い制限がある
    • login nodeで重い処理を行ってはいけない
      基本的にuserのshellが走っているのはlogin nodeとか言われる場所で多数のuserのprocessが単一node上で走っている[1]ことが多いです．つまるところ重いbuild processがずっと流れたり，たくさん流れたりすると他のuserの邪魔になるので，login nodeで負荷が高い処理を行うことは非推奨になっているのが普通です．
    • 計算nodeからinternetに接続できない
      スパコンで重いbuildを実行するにはどうするかというと，実際のsimulation等用に供される計算nodeとか言われるnodeを用いて重いbuildを実行するということが多いと思います． 計算nodeには普通はinternet接続がありません（少なくとも接続できるスパコンを見たことないです）．したがってtarball落としてきてinstallして．．．という通常のpackageのinstallの流れを計算nodeで実行することはできません．

まとめるとスパコンではそれ自身がsudoなしでinstall可能で，package installにもsudoを要求せず，source/binaryのdownloadとbuildを分離して実行できるpackage managerが必要です．

natsukiumさんに1から10まで教えてもらった内容のメモになっています．頭が上がらねぇ．．．

脚注

  1. 負荷分散のためlogin nodeが複数あるということもありますが ↩︎

ultimatileultimatile

スパコンで各userに割り当てられているdisc容量にも強い制約があるので，nixを使うとbinaryサイズが肥大しがちなのは注意が必要かも．
gc関連のメモを後で作成するかもしれない．

ultimatileultimatile

non-rootでnixを入れる

そこでnix！となればいいですが，nixの入れ方でよく出てくるDeterminate Nix installerを使うとsudoを要求してきます[1]．

https://wiki.nixos.org/wiki/Nix_Installation_Guide#Installing_without_root_permissions

大体ここに書いてあります．
あとでこの中の内容を展開するかも．

やらないといけないこととしては

  • defaultだとuser権限で作成できない/nixを作成しようとするのでそれをuser書き込み可能領域に変更
  • その下にあるbinaryとかの置き場所の/path/to/nix/storeのpathを--store optionでnix実行時に渡す必要がある
    という感じです．
脚注

  1. Single-User installとかMulti-User installとかありますがどちらにせよsudo必要です ↩︎