kernel だけは yum-cron で更新せず、手動で更新したい

/etc/yum/yum-cron.conf の [base] の項目に

[base]
# kernel will be updated manually
exclude = kernel

を追記する。

これは /etc/yum.conf での設定に(cronでの実行時のみ)優先する。
(手動更新時には kernel を除外しない)
もちろんカーネル以外の自動更新したくないパッケージを含めることができる。

これで心置きなく

apply_updates = yes

にできる。

古めのシステムだと

/etc/sysconfig/yum-cron に

YUM_PARAMETER="-x kernel"

を追記する。