try-alphafold

しかし、バージョンが合わない。
上で12.0を入れているはずがnvccで10になってしまう。

localcolabfoldで/usr/local/cuda/bin/nvcc を見るようにしたい。

また、本家もインストール中。
https://github.com/deepmind/alphafold

まず
docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:11.0-base nvidia-smi
でつまる。

とかのように、
nvidia/cuda:12.1.0-base-ubuntu20.04 を使った。
（OSがubuntu 20.04だったため。）

Failed to initialize NVML: Driver/library version mismatch
はsudo restartで解決。

で詰まった。
condaのバージョン外してしまった。。けど動くかな？？

まだライブラリのDLが終わってないので動かせていない。

これ使ったらよかったかも？？

tomokr

忘れかけてたubuntu知識。

su: ユーザー切り替え switch user

pathを通すところ

ssh-keygen

tomokr

久しぶりに動かそうとしたら、

Traceback (most recent call last):
  File "docker/run_docker.py", line 267, in <module>
    app.run(main)
  File "/home/dl-box/.local/lib/python3.8/site-packages/absl/app.py", line 308, in run
    _run_main(main, args)
  File "/home/dl-box/.local/lib/python3.8/site-packages/absl/app.py", line 254, in _run_main
    sys.exit(main(argv))
  File "docker/run_docker.py", line 234, in main
    docker.types.DeviceRequest(driver='nvidia', capabilities=[['gpu']])
AttributeError: module 'docker.types' has no attribute 'DeviceRequest'

というエラーが出た。
dockerファイルをbuildしなおし docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold
また同じコマンドをやっても、同じエラー。

pip3 install -r docker/requirements.txt
をしたら、動くようになりました。
何も変えてないはずなのになぜ。。

tomokr

Alphafoldの可視化ツールは、決定打がなさそう。
google colab版の可視化部分のみ拝借して使うのがベストプラクティスっぽい？

tomokr

Unable to initialize backend 'tpu_driver': NOT_FOUND: Unable to find driver in registry given worker:

これは気にしなくていいぽい？