try-alphafold
tomokr
nvcc --version
で何も出ない時は cuda toolkitをインストール。
os/architecture 確認は
しかし、バージョンが合わない。
上で12.0を入れているはずがnvccで10になってしまう。
localcolabfoldで/usr/local/cuda/bin/nvcc を見るようにしたい。
tomokrまた、本家もインストール中。
まず
docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:11.0-base nvidia-smi
でつまる。
とかのように、
nvidia/cuda:12.1.0-base-ubuntu20.04 を使った。
（OSがubuntu 20.04だったため。）
Failed to initialize NVML: Driver/library version mismatch
はsudo restartで解決。
で詰まった。
condaのバージョン外してしまった。。けど動くかな？？
まだライブラリのDLが終わってないので動かせていない。
これ使ったらよかったかも？？
tomokr忘れかけてたubuntu知識。
su: ユーザー切り替え switch user
pathを通すところ
ssh-keygen
tomokr久しぶりに動かそうとしたら、
Traceback (most recent call last):
File "docker/run_docker.py", line 267, in <module>
app.run(main)
File "/home/dl-box/.local/lib/python3.8/site-packages/absl/app.py", line 308, in run
_run_main(main, args)
File "/home/dl-box/.local/lib/python3.8/site-packages/absl/app.py", line 254, in _run_main
sys.exit(main(argv))
File "docker/run_docker.py", line 234, in main
docker.types.DeviceRequest(driver='nvidia', capabilities=[['gpu']])
AttributeError: module 'docker.types' has no attribute 'DeviceRequest'
というエラーが出た。
dockerファイルをbuildしなおし docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold
また同じコマンドをやっても、同じエラー。
pip3 install -r docker/requirements.txt
をしたら、動くようになりました。
何も変えてないはずなのになぜ。。
tomokrAlphafoldの可視化ツールは、決定打がなさそう。
google colab版の可視化部分のみ拝借して使うのがベストプラクティスっぽい？
tomokrUnable to initialize backend 'tpu_driver': NOT_FOUND: Unable to find driver in registry given worker:
これは気にしなくていいぽい？