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CWL の requirements 一巡り: ScatterFeatureRequirement

2020/12/17に公開
cwl
commonwl
tech

この記事は CWL Advent Calendar 2020 の19日目の記事です。

Common Workflow Language (CWL) では、ワークフロー実行処理系が満たさなければならない機能以外にも、Process requirements と呼ばれる optional features についても標準化が行われています[1]。

今回は CWL v1.2 で定義されている ScatterFeatureRequirement について簡単な解説を行います。また、各サンプルは可能な限り公式の準拠度テストで用いられているファイルを引用します。

対象読者

例

Conformance test #26: tests/count-lines3-wf.cwl:

#!/usr/bin/env cwl-runner
class: Workflow
cwlVersion: v1.2

inputs:
    file1:
      type: File[]

outputs:
    count_output:
      type: int[]
      outputSource: step1/output

requirements:
  ScatterFeatureRequirement: {}

steps:
  step1:
    run: wc2-tool.cwl
    scatter: file1
    in:
      file1: file1
    out: [output]

ScatterFeatureRequirement を指定することで、いわゆる Parametric study (あるいは Parameter survey) を行うワークフローを定義することが可能になります。

上の例では、ワークフローの入力パラメータ file1: File[] の各要素を入力パラメータとして wc2-tool.cwl を実行し、それぞれの実行結果を集計したものを step1 の出力 step1/output として利用しています。

脚注

  1. つまり、Process requiremens を含むワークフローやツール定義は、全ての CWL 準拠のワークフロー実行処理系で動かせるわけではありません。詳細は別記事を参照してください。 ↩︎

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