FFmpegで音声と動画の２ファイルから一つの動画ファイルを作る

ffmpeg -i video.webm -i audio.weba -c:v copy output.mp4

video.webm（音声がついていない）とaudio.weba（音だけ）をくっつけてoutput.mp4を作ります。
-c:v copyはコーデックを変換しないでコピーするということです。これを付けないと、コーデックの変換もするので、時間がかかるし画質も落ちます。
ffmpegはわかりやすくかけて細かい調整もパラメータを足すだけなので、ちょっとしたことであれば調べなくてもやってみるとできることが多いです。