Xcode [Move to the Trash]と[remove the reference to it]の違いについて

どういう時に発生するメッセージか

Move to the Trashの意味

指定ファイルをゴミ箱に移動。つまり、実ファイルはそのディレクトリから消えます。

remove the reference to it の意味

参照のみ削除。
なのでファイルは移動せず、そこにあるまま存在しています。
Xcode上から見れなくなるって感じですね。

基本的にはMove to the Trashを利用してみましょう。
Xcodeで管理しているファイル階層以下で不要なファイルを管理しておく必要はないです