Pythonで標準偏差と相関係数の計算

標準偏差と相関係数をいくつかの方法で計算してみた。

Python 3.5.2rc1 (default, Jun 13 2016, 09:33:26) 
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
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>>> x = [1, 2, 3, 4, 5]
>>> y = [0, 2, 4, 5, 8]

statisticsライブラリを使う。Python-3.4(?)から組み込み。

>>> import statistics
>>> statistics.pstdev(x), statistics.stdev(x)
(1.4142135623730951, 1.5811388300841898)

numpy

>>> import numpy
>>> numpy.std(x), numpy.std(x, ddof=1)
(1.4142135623730951, 1.5811388300841898)

scipyはnumpyと同じ?

>>> import scipy
>>> scipy.std(x), scipy.std(x, ddof=1)
(1.4142135623730951, 1.5811388300841898)

相関係数をnumpyで計算。

>>> numpy.corrcoef(x, y)[0, 1]
0.99044346677110506

次にscipy。

>>> import scipy.stats
>>> scipy.stats.pearsonr(x, y)
(0.99044346677110517, 0.0011198526620164956)

scipyが一番便利かな。