Open3

Docker alpineにscipy, numpyをインストールする方法

ここを参考にすれば、いけた

と思ったら、buildで失敗した。
こっちのコメントを参照にすべきやった。apk add で色んなlibを追加してたから、そこが足りんかったからbuild失敗してた説

成功したDockerfileは以下らしい。

FROM python:3.8.1-alpine3.11

RUN apk update \
    && apk add --upgrade --no-cache \
        bash openssh curl ca-certificates openssl less htop \
		g++ make wget rsync \
        build-base libpng-dev freetype-dev libexecinfo-dev openblas-dev libgomp lapack-dev \
		libgcc libquadmath musl  \
		libgfortran \
		lapack-dev \
	&&  pip install --no-cache-dir --upgrade pip \
	&&  pip install numpy==1.17.3 \
	&&  pip install scipy==1.3.1

numpy と scipy の install & build はこのDockerfileで成功した。
※別途setup.pyに必要なpip list を記載済み。

FROM python:3.8.1-alpine3.11

RUN apk update \
    && apk add --upgrade --no-cache \
        bash openssh curl ca-certificates openssl less htop \
		g++ make wget rsync \
        build-base libpng-dev freetype-dev libexecinfo-dev openblas-dev libgomp lapack-dev \
		libgcc libquadmath musl  \
		libgfortran \
		lapack-dev \
	&&  pip install --no-cache-dir --upgrade pip \
	&&  pip install numpy==1.17.3 \
	&&  pip install scipy==1.3.1

pip で install する部分はこんな感じ。requires内で定義してる


requires = [
    'bcrypt',
    'pyramid',
    'pyramid_chameleon',
    'waitress',
    'deform',
    'pyramid_tm',
    'sqlalchemy',
    'zope.sqlalchemy',
    'mysqlclient',
    'mysql-connector-python',
    'pandas',
    'labels',
    'scipy',
    'numpy',
    'sklearn',
]

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