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Open3

医学研究のデータ解析に使うR技集

R
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生物統計
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疫学
#
医学統計
#
生物統計学
Shuntaro Sato（佐藤俊太朗）Shuntaro Sato（佐藤俊太朗）

データの要約

  • 欠測している値はカウントしない
  • 四捨五入もする
tab01 <- ds00 |> 
  group_by(group, item, month) |> 
  summarise(n = sum(!is.na(value)),
            mean = mean(value, na.rm = TRUE),
            SD = sd(value, na.rm = TRUE),
            min = min(value, na.rm = TRUE),
            Q1 = quantile(value, na.rm = TRUE, probs = 0.25),
            median = median(value, na.rm = TRUE),
            Q3 = quantile(value, na.rm = TRUE, probs = 0.75),
            max = max(value, na.rm = TRUE)) |> 
  mutate(across(mean:max, ~round(.x, digits = 1)))  # 小数点一桁に四捨五入
Shuntaro Sato（佐藤俊太朗）Shuntaro Sato（佐藤俊太朗）

データの要約の出力

  • gt packageを使う
  • group_byの設定により，項目ごとや，項目と群ごとに，といったまとまりを作れる
    • 説明しづらいから実際にやってみてください．
tab01 |> select(item, everything()) |> 
  arrange(item, group, month) |> 
  group_by(item) |> 
  gt()