👻
生物統計家が参考にしているRパッケージたち
すべてを司るもの
tidyverse package
いわずもがな。これがないと始まらない。
tidylog package
tidyverse関数群でデータセットの形を変形したり、くっつけたりするときに行数を確認することは重要です。dim()やstr()で小まめに確認する癖もつけたいですが、自動で行数等の出力するこのpackageはtidyverseと一緒に使いたいです。
データハンドリング
timetk
時間データ（date型）を扱うことは頻繁にありますが、filterしたり意外と手間です。それらのコーディングを簡単にします。データハンドリングにいれてますが、一般的な時系列分析もできそうです。
labelled package
データを変形するたびに、str()で構造を確認するのは非常に重要。
変形するたびにstr()を使う。
しかし、str()では情報が見づらい場合がある。
このパッケージのlook_for()を使うと、もっとわかりやすく構造を確認できる。
arrow package
メモリにのらないようなデータを扱うときに。
癖があるので、arrowの思想を知るのが大事。
作図
patchwork package
ggplot2で作った図をくっつける。
統計解析
回帰分析
performance package
回帰モデルのチェックに使う。
欠測データ解析
visdat package
vis_dat()かvis_miss()で欠測の確認は忘れずに。
結果のまとめ
gtsummary package
表を作る。
- Table 1（背景情報の要約）も
- 回帰の結果のまとめも
- 生存時間解析の結果まとめはうまくいかない（2022/10/21の時点で佐藤PCでは）
その他
causaldata package
解析方法確認したり、教育にちょうどよいデータが欲しい。
因果推論に関する書籍のデータを集めたパッケージ。
simstudy
シミュレーションデータ作りを容易にするパッケージです。
一見複雑そうに見えますが、考え方は直感的です。
Discussion