[home-manager] codexがError: Permission denied (os error 13)を吐く問題への対処法
TL;DR
Nixのhome-managerを用いたパッケージ管理環境へ移行していたところ、codexが正常に動作しませんでした。.codexをhome.fileで配置していたことにより、readonlyになっていたようです。codex は~/.codexに書き込みを必要とするためError: Permission denied (os error 13)を吐いてしまいました。そのため、「必要なファイルだけをhome.fileで配置する」ことで対処しました。
検証環境
- Windows 11 Home
- WSL2
- Ubuntu 24.04.3 LTS
- nix 2.31.2
- home-manager 25.11-pre
- codex-cli 0.42.0
起きていた問題
home-managerでは、宣言的にパッケージを管理することが出来ます。それに倣い、codexを以下のようにインストールしました。
{config, pkgs}: {
...
home.packages = pkgs; [
neovim
zsh
...
codex
]
...
}
// home.nixの変更を反映するコマンド
$ home-manager switch
しかし、codexを正常に動作させることが出来ませんでした。
$ codex
Error: Permission denied (os error 13)
問題の切り分け
まず、codexコマンドそれ自体が正常に動作していないのか、それ以外のread/writeが必要な場面で詰まっているのかを切り分けます。幸か不幸かcodex --helpは正常に動作しました。
$ codex --help
Codex CLI
If no subcommand is specified, options will be forwarded to the interactive CLI.
Usage: codex [OPTIONS] [PROMPT]
codex [OPTIONS] [PROMPT] <COMMAND>
...
codexは~/.codex配下にログ等を読み書きするので、ここの権限不足を疑います。どうやら、書き込みが禁止されていることが分かります。
$ cd ~/.codex
$ lsd -la
dr-xr-xr-x 2 see2et see2et 4.0K Jan 1 1970 .
drwxr-xr-x 517 see2et see2et 356K Oct 1 04:53 ..
-r--r--r-- 1 see2et see2et 145 Jan 1 1970 AGENTS.md
-r--r--r-- 1 see2et see2et 504 Jan 1 1970 config.toml
-r--r--r-- 1 see2et see2et 395 Jan 1 1970 github-mcp.sh
chmod 700 .とかで権限を与えてもいいのですが......これは宣言的になるべく全てを扱いたいNixの思想に反するので、お作法的に避けたいところです。なので、根本的な原因を解決することにしました。
原因の正体
~/.codexがreadonlyになっていた原因は、以下のようにcodexの設定ファイルを管理していたことにありました。この設定により、home-manager switch実行時に~/.config/home-manager/codexは~/.codexに自動で配置されます。
なぜ`~/.config/home-manager`にcodexの設定ファイルを配置するのか
dotfilesをgitやchezmoiでホーム直下に直接配置してしまうと、その場では動きますが「どのファイルをどう管理しているか」が曖昧になってしまいます。home-managerを使うことで、Nix の設定ファイルに「どの dotfile をどこに置くか」をすべて宣言的に書けるようになります。
これにより、Git で管理している自分の設定リポジトリを Nix 設定にひもづけておけば、別のマシンでも home-manager switch を叩くだけで同じ環境を一発で再現することが出来ます。そのため、直接 ~/.codex にファイルを置くのではなく、いったん ~/.config/home-manager/codex にソースをまとめ、Home Manager の home.file オプション経由でホームディレクトリに展開する方式を取っていました。
{config, pkgs}: {
home.file = {
".config/nvim".source = ./nvim;
".config/zellij".source = ./zellij;
...
".codex".source = ./codex;
};
}
このときhome-managerは/nix/store/配下のビルド済ファイルへのリンクを配置するため、readonlyとして扱われてしまうようです。そこで、必要なファイルだけをhome-managerで配置することで、この問題を解決しました。
{config, pkgs}: {
home.file = {
".config/nvim".source = ./nvim;
".config/zellij".source = ./zellij;
...
- ".codex".source = ./codex;
+ # 必要なファイルだけを配る（親ディレクトリは実体として作られる）
+ ".codex/config.toml".source = ./codex/config.toml;
+ ".codex/AGENTS.md".source = ./codex/AGENTS.md;
+ ".codex/github-mcp.sh" = {
+ source = ./codex/github-mcp.sh;
+ executable = true;
+ };
}
無事、$ codexで立ち上げることができました。確認してみると、きちんとwrite権限が付与されていますね。sessions,logなどのフォルダも正常に作成されていることが分かります。
$ lsd -la
drwx------ see2et see2et 4.0 KB Wed Oct 1 16:49:10 2025 .
drwxr-x--- see2et see2et 4.0 KB Wed Oct 1 16:54:53 2025 ..
lrwxrwxrwx see2et see2et 79 B Wed Oct 1 16:43:45 2025 AGENTS.md ⇒ /nix/store/z34866j787zlxab15w7b5sima0wcr7ld-home-manager-files/.codex/AGENTS.md
lrwxrwxrwx see2et see2et 81 B Wed Oct 1 16:43:45 2025 config.toml ⇒ /nix/store/z34866j787zlxab15w7b5sima0wcr7ld-home-manager-files/.codex/config.toml
lrwxrwxrwx see2et see2et 83 B Wed Oct 1 16:43:45 2025 github-mcp.sh ⇒ /nix/store/z34866j787zlxab15w7b5sima0wcr7ld-home-manager-files/.codex/github-mcp.sh
drwxr-xr-x see2et see2et 4.0 KB Wed Oct 1 16:48:41 2025 log
drwxr-xr-x see2et see2et 4.0 KB Wed Oct 1 16:49:10 2025 sessions
.rw-r--r-- see2et see2et 79 B Wed Oct 1 16:48:42 2025 version.json
最後に
ここまでご一読下さり、ありがとうございました。良きhome-managerライフの一助となりましたら幸いです。
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