【使い方】2023年版・医薬品に関するOHDSIの使い方

やりたいこと

OHDSIから医薬品関連のデータを取得する.

やり方

1. DLサイトに移動
2. 未登録の場合は登録
3. Explore domainsのDrugsに進む
4. 右上にある自身のアカウント名横のDOWNLOADに進む
5. DOWNLOAD VOCABULARIESに進む
6. 最上部のname bundleにテキトウな名前を打ち込む
7. 最下部のDOWNLOADをクリック
8. 画面が切り替わりしばらく待つ (数分)
9. 登録したメールアドレス宛てにDLのリンクが送られてくるのでそこからDL

所感

• FAERSの解析時などの名寄せに使える
• 230731時点のDrugのデータ(zip)は900MB程度と扱いやすい
• 内容のうちCONCEPT.csvが医薬品の解析に使いやすい
  • domain_id=="Drug" AND concept_class_id=="Ingredient"がFAERSなど一般的な解析に使いやすそう
  • .csvだがtsvなので読み込み注意
• CONCEPT_RELATIONSHIP.csvはグラフ化しやすい構造になっている
• SYNONYMの情報は現状上手くとれない
  • ここは変わらずPubChemを使うのが良さそうか

Keyword

• OHDSI
• 医薬品
• メタデータ
• 疫学
• 名寄せ