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Open6

【R】 パッケージのインストール関連

R
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ERROR: moving to final location failedと出るとき

INSTALL_opts=c('--no-lock')オプションを使用。

install.packages("xml2", INSTALL_opts=c('--no-lock'))
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パッケージのソースファイルをダウンロードして、ローカルからインストール

https://bioconductor.riken.jp/packages/3.9/bioc/html/destiny.html のSource Packageの箇所のリンクからtar.gzファイルをダウンロード

tar.gzは解凍せずにそのまま使用する。
tar.gzファイルへのパスを指定し、repos=NULL, type="source"の引数をつける。

install.packages("destiny_2.14.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

BiocManager::install()ではなく、install.packages()でインストールできる。

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CRANのpackageのweb pageにあるtar.gzファイルのリンクでもインストールできる

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/purrr_1.0.1.tar.gz", 
                        repos = NULL, type = "source")
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既存のインストールを取り除くことができない時は、一旦そのパッケージはremove.packagesとかで除いて、インストール先をユーザーフォルダじゃなくて、Program Files内に入れると成功するかも

install.packages("rlang")

パッケージ 'rlang'の既存のインストールを取り除くことが出来ませんでした

remove.packages("rlang")

install.packages("rlang", lib = "C:/Program Files/R/R-4.2.1/library")
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pakパッケージを使えば、CRANでもBioconductorでもdevtoolsでも同じコマンドでパッケージをインストールできる。

https://github.com/r-lib/pak

# install.packages("pak")
pak::pkg_install("パッケージ名")


パッケージのversionを上げたいときに、install.packages()だと「既存のインストールを取り除くことが出来ませんでした 」となることがあるが、pak::pkg_install()だと上手にversionを上げてくれる。

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build_vignettes

https://github.com/mskcc/facets
このパッケージをGithubに書いてあるインストールコマンドで入れようとすると、エラーが出た。

remotes::install_github("mskcc/facets", build_vignettes = TRUE)

! System command 'Rcmd.exe' failed


色々と調べたけど、build_vignettes = FALSEにしたらインストールできた。

remotes::install_github("mskcc/facets", build_vignettes = FALSE)

[参考]
https://www.biostars.org/p/9555522/